sequencing

-1熱度

3回答

拆分文本的短語和一一列舉

我有這樣的順序： >my_sequence atccagcaaaaacgctccaaggattctcgactggactcattacttaatcagtattcgcaagcggacgccgaggtcgtaaaggctgaaaccgcacaatcggatgcgcccagtgatgacgcactxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx

python sequencing 2017-03-21

---

1熱度

1回答

將文件名添加到循環內的多個fasta文件的fasta頭文件中

我有10個fasta文件（每個文件包含來自10個樣本中的每個樣本的20個基因序列）。我想創建20個文件，針對10個樣本中的每個基因。我如下進行，以提取與所述FILE_NAME基因在標頭： pyfasta extract --header --fasta test.fasta gene_name1 | awk '/^>/ {$0=$0 "_file1"}1' > gene_name1.fasta

bash awk bioinformatics fasta sequencing 2017-08-22

---

0熱度

1回答

獲得iOS上精確計時音符的最佳方式

因此，我正在嘗試編寫基本音樂音序器類的東西。一些需要非常精確的時間。這是針對iOS 9的。 我現在正在使用libpd（Pure Data），只是發送各種延遲的事件來實現我之後的效果。這聽起來不錯，但不是很好。 在iOS上這種精確的音樂播放時間有沒有「最佳做法」？我可以將註釋排除在libpd之外，並可能獲得更好的效果嗎？ 謝謝！

ios music-player sequencing 2015-10-04

---

0熱度

1回答

如何從臥牀文件或假髮文件中獲得RPKM值？這兩種文件有什麼區別？

我想從RNAseq下載fastq原始文件以獲得基因表達值。但GEO只提供.bed.gz和.wig.gz格式。我能做些什麼來獲得RPKM值？非常感謝你！

sequencing 2016-09-22

---

1熱度

1回答

如何創建Kubernetes集羣只顧自己的容器SSL和NGINX

我試圖建立一個Kubernetes集羣內的以下服務： 泊塢的註冊表（它將包含我的Django泊塢窗圖像） Nginx的一邊收聽兩個端口80和443 PostgreSQL的 幾個Django應用程序與服務gunicorn letsencrypt集裝箱生成和自動更新簽名的S SL證書 我的問題是創建集羣的過程中發生了雞和蛋的問題： 我的SSL證書存儲在一個由letsencrypt集裝箱生成量的祕密。爲

nginx kubernetes sequencing 2016-01-20

---

0熱度

1回答

使用CoMut可視化數據

我的問題是關於可視化樣本隊列的突變，這與coMut map完全相同（https://www.broadinstitute.org/blog/visualizing-cancer-genome）。 有人知道是否有一個特定的網站製作這些類型的地塊？ 感謝

data-visualization sequencing 2015-12-02

---

1熱度

3回答

python改變'|'到標籤delimenated

我需要替換'|'到標籤中，以便我可以分析我的人類註釋基因組數據（200 + mb）。我是一位研究助理，學習如何以最簡單/最簡單的方式分析/操縱測序數據，以便我可以在更多數據上覆制這些數據。 這裏我的數據是怎樣的。在一個文件中有大約400,000行這種類型的數據。 ANN=C|downstream_gene_variant|MODIFIER|OR4G4P|ENSG00000268020|trans

python genome sequencing 2015-10-20

---

1熱度

1回答

在Trimmomatic中，滑動窗口是否有任何默認值？

如果我給AVGQUAL命令：20沒有滑動窗口它會設置滑動窗口的任何默認值？

command-line-interface bioinformatics sequencing 2017-06-15

---

0熱度

1回答

在python中查找兩個字符串之間的特定模式 - fastq文件 - 測序讀取

我試圖在python中編寫代碼，這將幫助我查找兩個特定字符串之間的字符串。當我用一個字符串實現代碼時，我會得到所需的輸出。但是，我需要在一系列序列中匹配模式。它一直拋出我一個錯誤。 定義一個函數來尋找兩個用戶指定的序列之間的模式： import re def find_between(prefix, suffix, text): pattern = r"{}\s*(.*)\s*{}".form

python pattern-matching jupyter-notebook fastq sequencing 2017-06-20

---

-1熱度

2回答

是否有可用的嵌合序列檢測的任何開放源代碼工具？

是否有用於檢測和從16S，WGS除去嵌合序列的任何工具，WTS以外USearch序列。另一種方法應該是開源的，這樣它可以被用於商業用途。

bioinformatics genome sequencing 2017-06-22

---