將字典關聯到.txt文件

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我已經在file1中創建了contigs及其長度的字典。我也有file2表格格式，其中包含contig對齊（但不是所有的）和一些額外的信息，如匹配的開始和結束等位置的文件2輸出。爲了計算查詢和主題報道，我需要關聯那些長度從file1到file2中的長度。如何做到這一點？感謝將字典關聯到.txt文件

來源

2014-01-22 user3224522

輸入的實例和期望的輸出PLS –

這將是很好，如果你可以發佈你的file1和file2的樣本來給出一個更好的主意。 –

假設文件1是：

contig1 134 
contig2 354 
contig3 345

您的腳本會是什麼樣子

import re 

contigDict={} 
with open('file1') as c1: 
    text=c1.readlines() 
for line in text: 
    key,value = line.split() 
    contigDict[key]=value 
with open('file2') as c2: 
    scrambled_text=c2.read() 

contigs = re.findall(r'contig\d+',scrambled_text) 
output = {} 
for contig in contigs: 
    output[contig]=contigDict[contig] 
with open('file3',w) as w: 
    for key in output.keys(): 
     w.write(key+'\t'+output[key]+'\n')

來源

2014-01-22 18:03:59

非常感謝，但可能是我沒有表達好自己，我再試一次。我有一個文件列表contigs及其長度，contig1 134 contig2 354 contig3 345 ... contig 200000 320在文件1中。現在在我的文件2中我有contigs，但disodered和重複，可以說，contig3，contig3， contig4，contig7，contig65 contig65等等。所以我想從file1中檢索長度並將其關聯到file2中的相應重疊羣。 – user3224522

你是什麼意思最後的結果只？是不是迭代整個文件？ –

由於某些原因它沒有迭代，但我現在工作了..感謝你它完美的工作！只是想問，而不是'contig'我有蛋白名稱，即tr | B5TK38 | B5TK38_TRIDB，不同的蛋白顯然不同，如何我可以在re.findall中搜索嗎？可以嗎？ – user3224522

這是工作

import re 
r=open('result.txt','w') 
subjectDict={} 
with open('file1.txt') as c1: 
    text=c1.readlines() 
for line in text: 
    key,value = line.split() 
    subjectDict[key]=value 
with open('file2.txt') as c2: 
    lines=c2.readlines() 
for line in lines: 
    new_list=re.split(r'\t+',line) 
    s_name=new_list[0] 
    subjects = re.findall(r'contig\d+',s_name) 
    output = {} 
    for subject in subjects: 
     output[subject]=subjectDict[subject] 
     r.writelines(subjectDict[subject]+'\n')

來源

2014-01-23 16:30:02 user3224522

將字典關聯到.txt文件

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