凝聚phyloxml系統發育樹

Question

我想凝聚（簡化所有葉子具有相同標籤的進化枝）phyloxml格式的系統發育樹。所謂Newick utils的程序是非常有用的與newick格式樹要做到這一點，冷凝樹：

Original Tree

到這一個：

Condensed tree

由於我最終試圖分裂我的基因樹分解到每個複製節點的所有子樹中，這是減少子樹數量而不丟失信息的有用方法。

有沒有人知道這樣做與phyloxml樹的方式？ Newick Utils只接受Newick格式，所以我需要一種使用Biopython解析phyloxml格式的方法。謝謝。

Answer 1

作爲一個快速的回答，您可以將phyloxml到newick很容易：

from Bio import Phylo 

Phylo.convert("original.xml", "phyloxml", "converted.newick", "newick") 

現在你可以打電話給你的Newick utils的凝結樹。

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如果你想刪除的葉子時，他們有同一個名字：

for clade in tree.find_clades(): 
    if clade.count_terminals() > 1: 
     leafs = clade.get_terminals() 
     if len(set([t.name for t in leafs])) == 1: 
      # All the leafs in this clade have the same name. 
      # Cut them all except the first one. 
      for leaf in leafs[1:]:        
       tree.prune(leaf) 

理想情況下，你就會把上面的代碼中，返回新修剪樹的功能，且每次調用該函數修剪一片葉子。