R：關聯值與系統發育提示

Question

我有一個系統發育和一些數據（性狀值）。我已經使用ace在caper中重建了所有節點的特徵值。

我使用makeNodeLabel在ape將重建的性狀值與其適當的節點相關聯。

我想要做的是從包含既節點值（recontructed值）和尖端標籤（emperical數據）R導出關係文件（系統發育）。我想要使​​用顏色代碼（在FigTree中）來表示值，但現在我只能用節點來做到這一點，即尖端分支沒有數據，因此不是「可編碼的顏色」 。

我需要將值關聯到提示才能做到這一點，但我一直無法弄清楚如何做到這一點。我還需要與系統發育關聯的所有數據處於「相似類別」，即類似於例如來自*BEAST的theta值如何在nexus文件中編碼。

任何和所有的幫助，非常感謝。

Answer 1

我已經找到了解決辦法：

來自R

出口樹（關係格式）關聯到節點重建的特質。在FigTree中打開並將「標籤」特徵定義爲「特徵」。從標題爲「trait」的列中包含經驗數據的文本文件導入提示註釋。然後將FigTree中的樹導出到具有nexus-block的新文件幷包含註釋。最後，從聯結文件中的名稱塊（動物/有機體[&特徵= 2.35754]）複製名稱，並與編碼樹中的名稱交換名稱。然後，您將通過[& Trait = value]爲節點和提示編碼特徵值。現在，您可以對整個樹進行顏色編碼，其中包括現在與系統發育關係提示相關的經驗值。

Sooo，這是一個愚蠢的做法。如果有人有更好的辦法，我很樂意聽到它。