有效提取R中的成對相關性

Question

這看起來應該是直截了當的，但我有一個數據框，需要提取trial中每個可能的id對的分數的相關性（換句話說，比較ID爲1的分數試驗10至ID 2在試驗10中，在試驗10 ID 1至ID 3試驗體10，等等。的示例數據幀如下。

id <- c('1','1','1','2', '2', '2', '3', '3', '3') 
trial <- c('10','11','12','10', '11', '12', '10', '11', '12') 
score<- c('634', '981','101', '621', '31', '124', '827', '404', '92') 
d <- data.frame(id, trial, score) 

d

id trial score 
    1 10 634 
    1 11 981 
    1 12 101 
    2 10 621 
    2 11 31 
    2 12 124 
    3 10 827 
    3 11 404 
    3 12 92 

結果應該是一個具有所有可能組合相關性的新矩陣。表面上它是評估整個ID的評分可靠性。

數據約爲10000行，導致R窒息。我已經在這裏看了論壇，並試圖找出使用comb或outer但語法混淆。任何幫助將非常感激！

Answer 1

基於@羅蘭的想法，但使用R基本功能xtabs

> d$score <- as.numeric(as.character(d$score)) 
> cor(xtabs(score ~ trial + id, data=d)) 
      1   2   3 
1 1.00000000 -0.02568439 0.5295394 
2 -0.02568439 1.00000000 0.8344046 
3 0.52953942 0.83440458 1.0000000 

Answer 2

達到此目的的一種方法可能是使用data.table。您可以使用以下內容

library(data.table) 
d.t <- data.table(d) 
setkey(d.t,"trial","id") 

然後像這樣的東西應該有所幫助。

temp <- cor(as.vector(d.t[J("10","1")]$score),as.vector(d.t[J("10","2")]$score)) 

帖子這可以把一個循環解決此或sapply使用，然後將結果rbind成矩陣/數據幀

HTH

Answer 3

如果你沒有太多的ID，我會在這裏重塑數據，並使用cor接受data.frame作爲輸入：

d$score <- as.numeric(as.character(d$score)) 
library(reshape2) 
d1 <- dcast(d,trial~id) 
cor(d1[,-1]) 
#   1   2   3 
#1 1.00000000 -0.02568439 0.5295394 
#2 -0.02568439 1.00000000 0.8344046 
#3 0.52953942 0.83440458 1.0000000