R行中的相關性

我有兩個相同大小的矩陣。我想計算這些矩陣中每對行之間的相關係數;選自B等與第2行1列B，列2從A行1從AR行中的相關性

A <- matrix(runif(1:200), nrow=20) 
B <- matrix(runif(1:200), nrow=20)

最佳我能想出是

ret <- sapply(1:20, function(i) cor(A[i,], B[i,]))

但它是非常低效的（矩陣具有成千上萬的行）。有更好，更快的方法嗎？

來源

2015-01-14 January

這應該是快：

cA <- A - rowMeans(A) 
cB <- B - rowMeans(B) 
sA <- sqrt(rowMeans(cA^2)) 
sB <- sqrt(rowMeans(cB^2)) 

rowMeans(cA * cB)/(sA * sB)

來源

2015-01-14 13:02:57 flodel

您可以創建矢量化功能，將計算協方差和標清的，你這樣的，

RowSD <- function(x) { 
    sqrt(rowSums((x - rowMeans(x))^2)/(dim(x)[2] - 1)) 
} 

VecCov <- function(x, y){ 
    rowSums((x - rowMeans(x))*(y - rowMeans(y)))/(dim(x)[2] - 1) 
}

然後，只需做

VecCov(A, B)/(RowSD(A) * RowSD(B))

來源

2015-01-14 13:05:40

R行中的相關性

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