如何創建一個大距離矩陣？

如何以適當的方式分配一個巨大的距離矩陣，以避免「分配是無法」錯誤。想象一下，你在一些空間中有100000個隨機點。如何巧妙地創建一個矩陣或「dist」 - 對象，它代表DistMatrix的一半。也許它應該是另一個對象，它將能夠有效地分配大量的距離。如何創建一個大距離矩陣？

你可以從以下鏈接polygonial對象： https://www.dropbox.com/sh/65c3rke0gi4d8pb/LAKJWhwm-l

# Load required packages 
library(sp) 
library(maptools) 
library(maps) 

# Load the polygonal object 
x <- readShapePoly("vg250_gem.shp") 

# Sample or Pick up a large Number of Points 
# this command needs some minutes to be done. 
# "coord" is SpatialPoints Object 
n <- 1e5 
coord <- spsample(x, n, "random") 
# Try to measure the distances by dist() 

DistMatrix <- dist([email protected]) 
Error: negative length vectors are not allowed 

# Try to measure the distances by spDists() 
DistMatrix <- spDists(coord) 
Error: cannot allocate vector of size (some number) MB 

# It seems that the problem lies on large matrix to be created.

如何爲這個問題中的R可解爲「N」的偉大數字。

來源

2014-01-22 And_R

此時R無法分配RAM的隨機數兆字節。此時，您的計算機正在將其所有內存都用於其他地方，並且您的進程沒有（某些數量）的MBytes可用於繼續。此時您有幾種解決方案。其中，獲得更多內存，關閉程序的機器，或者以較小的批次進行距離計算。嘗試一個更小的n;當它工作時只需重複這個過程幾次，直到你有了你的整個距離矩陣。

來源

2014-01-22 14:58:52

說小批量做你只是指使用spDistsN1（）？請如果你能澄清你的想法，它可以是有用的。提前致謝。 –

嗨。我不熟悉這種方法。但如果它適合你的話。實際上，我的意思是將距離矩陣分成子矩陣並逐個求解每個子矩陣。每次將結果保存在硬盤上。釋放你的RAM。 –

你知道一些包加速簡單的計算任務，如sum，sqrt等。我聽說有一個允許的包，但我找不到任何包。 –

如何創建一個大距離矩陣？

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