能夠引用函數，但不在命名空間中的類

Question

我能夠從命名空間引用函數，但不能引用類。這裏是空間文件SeqLib/FermiAssembler.h」

#ifndef SEQLIB_FERMI_H 
#define SEQLIB_FERMI_H 

#include <string> 
#include <cstdlib> 
#include <iostream> 

namespace SeqLib 
{ 

    void print_my_name(){ std::cout << "It's Crt" } 
    class FermiAssembler { 
    public: 
     FermiAssembler(); 

     ~FermiAssembler(); 

     void AddReads(const BamRecordVector& brv); 
    }; 
} 

我能夠調用print_my_name() via SeqLib::print_my_name()但是，無法通過SeqLib::FermiAssembler f

這裏是我的/src

內的C++文件，以引用FermiAssembler類

#include <iostream> 
#include <Rcpp.h> 
#include "SeqLib/FermiAssembler.h" 
using namespace std; 

// [[Rcpp::export]] 
void whats_my_name(){ 
    SeqLib::FermiAssembler f; 

這裏是封裝件的結構

temp 
    seqLib 
    SeqLib 
    src 
     FermiAssembler.cpp 
    SeqLib 
     FermiAssembler.h 
    headerFiles 
    SeqLibCommon.h 
    src 
    hello_world.cpp 
    Makevars which contains PKG_CXXFLAGS= -I../SeqLib 

這裏是FermiAssembler.cpp定義

#include "SeqLib/FermiAssembler.h" 
#define MAG_MIN_NSR_COEF .1 

namespace SeqLib { 
    FermiAssembler::~FermiAssembler() { 
     ClearReads(); 
     ClearContigs(); 
    } 
} 

的錯誤信息是：Error in dyn.load(dllfile) :
unable to load shared object 'temp/seqLib/src/SeqLib.so':
temp/seqLib/src/SeqLib.so: undefined symbol: _ZN6SeqLib14FermiAssemblerD1Ev

更新我已經移動了整個子模塊到src文件夾爲例如：

# temp 
# |─── src 
#  |────SeqLib 
#    |──────SeqLib 
#      |────── FermiAssembler.h 
#    |──────src 
#      |────── FermiAssembler.cpp 

Answer 1

當您看到引用類似的錯誤，第一步是通過一個名字demangler像c++filt，其中應包括在任何Linux發行版來運行它：

$ c++filt _ZN6SeqLib14FermiAssemblerD1Ev 
# SeqLib::FermiAssembler::~FermiAssembler() 

的問題是，在你的頭文件，你有宣佈該類的析構函數FermiAssembler，但沒有爲其提供定義。你的選擇是

1. 完全刪除聲明。如果這個類的析構函數沒有做任何特殊的事情，比如釋放動態分配的內存，或者記錄信息等，那麼編譯器生成的默認析構函數應該沒問題。然而，如果你提供了一個如上所述的聲明，那麼你正在告訴編譯器「這個類的析構函數需要做額外的事情，所以不要爲我生成一個」。
2. 提供一個空定義：~FermiAssembler() {}（注意牙套，其中區分該從聲明）。這相當於使用編譯器生成的析構函數，如上所述。
3. 提供非空定義。在這個簡單的例子中，FermiAssembler類不需要非默認析構函數，但爲了演示目的，我們將在下面探討這個選項。

---

這是我將要使用的文件格式;你需要調整你的路徑，等等。相應地：

tree example/ 

# example/ 
# ├── DESCRIPTION 
# ├── example.Rproj 
# ├── NAMESPACE 
# ├── R 
# │   └── RcppExports.R 
# └── src 
#  ├── demo.cpp 
#  ├── FermiAssembler.cpp 
#  ├── FermiAssembler.h 
#  └── RcppExports.cpp 

---

頭FermiAssembler.h現在變爲：

#ifndef SEQLIB_FERMI_H 
#define SEQLIB_FERMI_H 

namespace SeqLib { 

class BamRecordVector; 

void print_my_name(); 

class FermiAssembler { 
public: 
    FermiAssembler(); 

    ~FermiAssembler(); 

    void AddReads(const BamRecordVector& brv); 
}; 

} // SeqLib 

#endif // SEQLIB_FERMI_H 

注意，我也轉換print_my_name到一個函數原型，所以它也將需要相應的源文件中所定義的。此外，您還可以將以前#include s到源文件，因爲他們不再需要在這裏：

// FermiAssembler.cpp 
#include "FermiAssembler.h" 
#include <iostream> 
#include <Rcpp.h> 

namespace SeqLib { 

void print_my_name() { 
    std::cout << "It's Crt"; 
} 

FermiAssembler::FermiAssembler() 
{ 
    Rcpp::Rcout << "FermiAssembler constructor\n"; 
} 

FermiAssembler::~FermiAssembler() 
{ 
    Rcpp::Rcout << "FermiAssembler destructor\n"; 
} 

} // SeqLib 

---

最後，文件，使這個類的使用：

// demo.cpp 
#include "FermiAssembler.h" 

// [[Rcpp::export]] 
int whats_my_name() { 
    SeqLib::FermiAssembler f; 

    return 0; 
} 

---

建立和安裝包裝後，它按預期工作：

library(example) 
whats_my_name() 
# FermiAssembler constructor 
# FermiAssembler destructor 
# [1] 0 

---

更新關於你的問題「能有源文件比頂級src/目錄其他地方嗎？」，是的，你可以，但我通常會建議不要這樣做，因爲它需要一個不平凡的Makevars文件。現在，使用此佈局，

tree example 

# example 
# ├── DESCRIPTION 
# ├── example.Rproj 
# ├── man 
# ├── NAMESPACE 
# ├── R 
# │   └── RcppExports.R 
# ├── SeqLib 
# │   ├── SeqLib 
# │   │   └── FermiAssembler.h 
# │   └── src 
# │    └── FermiAssembler.cpp 
# └── src 
#  ├── demo.cpp 
#  ├── Makevars 
#  └── RcppExports.cpp 

我們在頂級src/目錄（不SeqLib/src）這個Makevars：

PKG_CXXFLAGS= -I../SeqLib 

SOURCES = $(wildcard ../SeqLib/*/*.cpp *.cpp) 
OBJECTS = $(wildcard ../SeqLib/*/*.o *.o) $(SOURCES:.cpp=.o) 

注意，在上面的例子中，我們簡單地編譯所有目標文件到相同的共享庫。例如，如果您需要編譯中間共享庫或靜態庫並將它們鏈接到最終的.so，那麼預計您的Makevars會變得更加混亂。

---

改造和安裝，

library(example) 
whats_my_name() 
# FermiAssembler constructor 
# FermiAssembler destructor 
# [1] 0 

---