hclust上的pvclust生成的樹形圖

Question

我有興趣使用pvclust R軟件包來確定我在R中使用常規層次聚類hclust函數生成的簇的顯着性。我有一個由〜8000個基因組成的數據矩陣及其表達式值在4個發育時間點。下面的代碼顯示了我用來對數據執行常規分層聚類的內容。我的第一個問題是：是否有一種方法可以採用hr.dendrogram圖並將其應用於pvclust？其次，pvclust似乎對列進行聚類，對於跨列進行比較的數據而不是像我想要做的那樣的行（我已經看到很多使用pvclust來聚類樣本而不是基因的示例）的數據似乎更合適。有沒有人使用過類似於我想要做的事情的pvclust？ 我經常層次聚類簡單的代碼如下：

mydata<-read.table("Developmental.genes",header=TRUE, row.names=1) 
mydata<-na.omit(mydata) 
data.corr <-cor(t(mydata),method="pearson") 
d<-as.dist(1-data.corr) 
hr<-hclust(d,method="complete",members=NULL) 
hr.dendrogram.<-plot(as.dendrogram(hr)) 

我明白任何幫助！

Answer 1

爲什麼不直接使用pvclust就像fit<-pvclust(distance.matrix, method.hclust="ward", nboot=1000, method.dist="eucl")。之後fit$hclust將等於hclust(distance.matrix)。