Python：4個循環，比較列表項

我有一個相當可怕的算法來比較原子之間的距離，但它的作品不是我希望它的工作。下面是代碼：Python：4個循環，比較列表項

for k in ResListA: 
    for n in ResListB: 
    for m in ResListA[counter3].atoms: 
     for z in ResListB[counter4].atoms: 
      coordDist = distance.distance(ResListA[counter3].atoms[counter4],ResListB[counter2].atoms[counter1]) 
      counter1 = counter1 + 1 
     counter1 = 0   
     counter4 = counter4 + 1 
    counter4 = 0 
    counter2 = counter2 + 1 
    counter2 = 0 
    counter3 = counter3 + 1

基本上我想要的最小距離之間

ResListA [0] .atoms [0，..，N]

ResListB [0，..， k] .atoms [0，..，m]

被計算。然而，它計算

ResListA [0] .atoms [0]

到

ResListB [0，..，K] .atoms [0，..，米]

例如：

ResListA [N，P，C，N，C] ResListB [C，C] [P，P] ...

它應該是

DIST（N，C）DIST（N， C）DIST（P，C）DIST（P，C）

不

DIST（N，C）DIST（N，C）DIST（N，P）DIST（N，P ）

預先感謝您。

來源

2012-10-18 Mantas Marcinkus

這是非常可怕的，並且縮進看起來不太正確。 – piokuc

在分配任何內容之前，您似乎正在使用'counter1'。 –

如果你可以忍受Numpy/Scipy的依賴，這看起來像['scipy.spatial.cdist']的工作（http://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/generated/scipy .spatial.distance.cdist。HTML），因爲你正在做成對的距離。 –

我認爲你的代碼可以寫得更像這樣。

for k in ResListA: 
    for n in ResListB: 
     for m in k.atoms: 
      for z in n.atoms: 
       coordDist = distance.distance(m.atoms, z.atoms)

不知道distance.distance做什麼。你不應該在做coordDist涉及min()嗎？

來源

2012-10-18 22:25:29

我想你的意思是'distance.distance（m，z）'。 –

距離是一個模塊，我用它來進行簡單的3D距離計算。總的來說，我試圖獲得一個矩陣與氨基酸之間的最小距離，其中包含原子，我想要計算距離。 –

@gnibbler，測試了你的代碼，它給出了相同的結果，它仍然通過'ResListA'中的第一個原子遍歷所有'ResListB' –

雖然gnibbler是在可能正確的是你應該做的，這是當前的代碼可以簡化爲：

for k in ResListA: 
    for n in ResListB: 
     for counter4, m in enumerate(k.atoms): 
      for counter1, z in enumerate(ResListB[counter4].atoms): 
       coordDist = distance.distance(m, n.atoms[counter1])

您的問題是，你需要：

for z in ResListB[counter2].atoms:

，而不是

for z in ResListB[counter4].atoms:

來源

2012-10-18 22:32:26

Python：4個循環，比較列表項

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