在HPC集羣上從八度調用R腳本時出錯

我有一個octave腳本，它調用R腳本在HPC集羣上執行一些計算。計算過程如下：在HPC集羣上從八度調用R腳本時出錯

提交羣集上的作業來分配計算節點，然後將計算分配給該節點中的每個CPU。 shell腳本的部分看起來像這樣

count=0 

HOSTLIST= 

for host in `cat $PBS_NODEFILE` 

    do 

    HOSTLIST[$count]=$host 

    count=$(($count+1)) 

done 

... 
... 
... 

mkdir case_$count 

cd case_$count 

export workdir=`pwd` 

remotehost=${HOSTLIST[$pcount]} 

ssh -n $remotehost "cd $workdir; export PATH=$PATH:$workdir; octave $MFILE > /dev/null" &

爲了簡單起見，樣本$MFILE含量

printf("Calling R script from Octave \n"); 

system('./hello_world.R');

運行

時遇到的hello_world.R

#!/usr/bin/Rscript 
print("Hello World!")

錯誤

sh: ./hellow_world.R: /usr/bin/Rscript: bad interpreter: No such file or directory

我的一些環境變量（以防萬一）的

$ echo $PATH 

/usr/local/bin:/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/cuda/bin:/opt/ganglia/bin:/opt/ganglia/sbin:/usr/java/latest/bin:/opt/maven/bin:/opt/maui/bin:/opt/torque/bin:/opt/torque/sbin:/opt/pvfs2/bin:/opt/rocks/bin:/opt/rocks/sbin 

$ which Rscript 

/usr/bin/Rscript 

$ which R 

/usr/bin/R

如果我運行命令行的$MFILE，它的工作確定並打印所需的輸出就好了。我已經嘗試了許多解決方案，我可以在網上找到無效

任何人都知道哪裏出了問題？感謝您的任何建議！

來源

2014-12-19 Tung

當你說你已經在命令行中運行$ MFILE，是在集羣上？你可以在交互式節點上測試它嗎？好像是有一個很難找到任何對RSCRIPT或您hellow_world.R文件，其中任何一個的都工作目錄問題的命令吧。 – darwin

謝謝@darwin！是的，$ MFILE在集羣本身的命令行上運行正常，但在分配的計算節點的分離的CPU上運行時出現問題。說實話，在HPC /集羣方面，我是新手。你能告訴我如何在交互式節點上測試它嗎？我會再看看這個 – Tung

我無法解決問題。我最終將我的R代碼轉換爲八度來運行程序。謝謝你。節日快樂！ – Tung

問題爲r加載登錄節點上，但沒有被加載在計算節點上。所以在作業提交腳本中，在進行任何計算之前，必須有一行加載R。例如：

module load r/3.4.3

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來源

2018-03-05 20:12:54 Tung

在HPC集羣上從八度調用R腳本時出錯

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