如何使用qsub在HPC上使用本地R安裝

Question

我使用的集羣不可能全局安裝特定的R版本。鑑於我建了一個特定版本的R上的文件夾：

<generic_path>/R/R-X.Y.Z 

，我在本地安裝一些軟件包：

<generic_path/R/packages 

如何設置，在shell腳本（bash）的，環境變量和別名來運行這個特定的R版本，從本地軟件包目錄加載軟件包？

Answer 1

選項1： 使用對HPC（在我的情況下的qsub腳本）一個外殼腳本，這是可能的通過運行一個外殼腳本（例如在bash），其包含以下行：

alias R="<path_to_R>/R/R-X.Y.Z/bin/R" 
export R_LIBS="<path_to_R>/R/packages" 
export PATH="<path_to_R>/R/R-X.Y.Z/bin:${PATH}" 

腳本（這裏我把它命名爲makeenv.sh）可以使用qsub腳本中與運行：

source makeenv.sh 

選項2：根據您的HPC系統上，你可能公頃已經module avail，module load命令，如果是的話，然後使用：

myBsubFile.sh

#!/bin/bash 
# some #BSUB headers... 
# ...  

module load /R/R-X.Y.Z 
Rscript myRcode.R 

然後在R腳本加載庫爲：

myRcode.R

library("data.table", lib.loc = "path/to/my/libs") 
# some more R code...