匹配的正則表達式（蟒蛇）

Question

對於這樣一個序列：

NM_001003443 CHR11 + 5925152 5926098 5925152 5926098 2 5925152,5925652，5925404,5926098，

我想，看起來像下面的信息線（未剪切，這意味着存在一個參數是sys.argv '-S'）：

>NM_00100343|chr11(+):5925152Z5926098

或（剪接，沒有 '-S' 在sys.argv中）：

>NM_00100343|chr11(+):5925152Z5926098|5925151Z5925404,5925652Z5926098

我試圖做到這一點，但不斷收到不正確的匹配，有人看我的正則表達式，看看它看起來和/或正確匹配？

我已經寫：

p值=「（NM_ \ d +）\ S +（CHR \ d +）\ S +（[+ | - ]）\ S +（\ d +）\ S +（\ d +）\ S + （\ d +）\ s +（\ d +）\ s +（\ d +）\ s +（\ d +），（\ d +），\ s +（\ d +），（\ d +），'

並試圖匹配他們通過（該文件中的每一行看起來像上面給出的，由FP打開=打開（INFILE行例子，「R」）：

for line in fp: 
    r = search(p, line) 
    if '-s' in sys.argv and r: 
     wp.write('>'+r.group(1)+'|'+r.group(2)+'('+r.group(3)+')'+':'+r.group(4)+'-'+r.group(5)) 
    else: 
     wp.write('>'+r.group(1)+'|'+r.group(2)+'('+r.group(3)+')'+':'+r.group(4)+'-'+r.group(5)+'|'+r.group(6)+'-'+r.group(11)+','+r.group(9)+'-'+r.group(12)) 

編輯，這是否顯示正確

for line in fp: 
    line = line.replace(',',' ') 
    tokens = line.split() 
    if '-s' in sys.argv and r: 
     wp.write('>'+tokens[0]+'|'+tokens[1]+'('+tokens[2]+')'+':'+tokens[3]+'-'+tokens[4]) 
    else: 
     wp.write('>'+tokens[0]+'|'+tokens[1]+'('+tokens[2]+')'+':'+tokens[3]+'-'+tokens[4]+'|'+tokens[5]+'-'+tokens[10]+','+tokens[8]+'-'+tokens[11]) 

Answer 1

您需要的所有數據都用空格或逗號分隔，所以根本不需要正則表達式。

mystring = mystring.replace(',', ' ') # convert all commas to spaces 
tokens = mystring.split() # split at spaces 

如果要堅持一個正則表達式，有一些錯別字。這是正確的REGEXT： p = '(NM_\d+)\s+(chr\d+)\s+([+|-])\s+(\d+)\s+(\d+)\s+(\d+)\s+(\d+)\s+(\d+)\s+(\d+),(\d+),\s+(\d+),(\d+),'

1. [+-]沒有括號和|
2. 失蹤(chr\d+)
3. 缺少術語,s+(\對正則表達式