igraph讀圖掛在OS X

我使用igraph r軟件包。我有一個ncol格式的圖形文件，並使用igraph讀圖掛在OS X

g <- read.graph('~/tmp/graph.ncol', format = 'ncol', weights="yes")

要讀取到內存。雖然這個命令和圖形文件在Ubuntu 14.04下運行了幾分鐘。使用與OS X 10.10相同的機器，該命令運行並永不結束。我也用graphml格式嘗試了另一個相同的圖形，結果相同。

這是一個macbook pro，升級到OS X 10.10後，refit/refind不再適用於我啓動到14.04，所以我決定使用OS X一段時間，並遇到此問題。 igraph軟件包在ubuntu下通過源碼安裝，而在OS X中通過二進制安裝。我也嘗試使用源碼包在本地編譯igraph r軟件包，並得到相同的懸掛結果。任何人都有類似的經歷不知道它是否是OS X 10.10的東西。

來源

2014-10-20 xgdgsc

這是很少的信息。您能否生成一些模擬此行爲的示例（模擬）數據？ – 2014-10-20 07:36:32

我通過截斷ncol文件來嘗試幾個文件大小。 20M（1000000行）及以下的文件大小都很好。現在有10000000行文件掛起。整個文件是700M。類似的事情從來沒有發生在這臺機器和另一臺機器與archlinux的Ubuntu上。空閒的內存應該足夠了。 – xgdgsc 2014-10-20 07:58:34

您是否嘗試過重新編譯Yosemite從頭開始編寫「igraph」庫？我沒有一個方便測試的大圖文件，但編譯工作正常後，我下載了源包，並從命令行vs RStudio（從RStudio內部找不到'gfortran-4.8'並且有在優勝美地安裝之後，已經報道了RStudio＆R的路徑古怪）。 – hrbrmstr 2014-10-20 13:08:13

事實證明，它只發生在文件路徑包括~如~/tmp/graph.txt，它開始使用tempfile並調用read.graph.toraw導致的麻煩。我可以避免使用那個~。這是一個對我來說足夠好的解決方法。

來源

2014-11-07 10:16:46 xgdgsc

igraph讀圖掛在OS X

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