這個問題出現了,當我試圖用p.adjust
對p值的矢量運行FDR調整意想不到的效果。問題是許多結果p值是相同的。我認爲這可能與我的數據有些詭異,但我已經用任意輸入向量再現了同樣的問題。例如:R:從p.adjust(FDR)
temp <- runif(40, min = 0, max = 1)
temp
# [1] 0.81563482 0.17471363 0.74697979 0.88755248 0.69676260 0.58207008
# [7] 0.87138747 0.76432908 0.64352955 0.06501659 0.70680646 0.81557281
#[13] 0.58480274 0.19476004 0.01035137 0.46119840 0.17783440 0.71828874
#[19] 0.30978182 0.76902202 0.01615609 0.93122152 0.37936458 0.52369562
#[25] 0.90997054 0.30098383 0.70873206 0.71159740 0.38148526 0.78415579
#[31] 0.64605509 0.18898361 0.76770495 0.40651004 0.42255944 0.68395505
#[37] 0.51844368 0.25855720 0.12090991 0.50110836
p.adjust(temp, method="fdr")
# [1] 0.9062609 0.9062609 0.9062609 0.9312215 0.9062609 0.9062609 0.9312215
# [8] 0.9062609 0.9062609 0.8668878 0.9062609 0.9062609 0.9062609 0.9062609
#[15] 0.3231218 0.9062609 0.9062609 0.9062609 0.9062609 0.9062609 0.3231218
#[22] 0.9312215 0.9062609 0.9062609 0.9312215 0.9062609 0.9062609 0.9062609
#[29] 0.9062609 0.9062609 0.9062609 0.9062609 0.9062609 0.9062609 0.9062609
#[36] 0.9062609 0.9062609 0.9062609 0.9062609 0.9062609
我想認爲我犯了一些錯誤。我不相信FDR將p值調整到所有相同的值是合理的。大部分數據是相同的,並不完全符合原始p值。任何想法這裏有什麼不對?謝謝。
我想你會發現它如預期運行。嘗試'溫度< - runif(5,分鐘= 0,最大值= 0.005)''然後p.adj < - sapply(p.adjust.methods,功能(甲基)p.adjust(溫度,甲基))',得到所有調整方法。 – 2012-04-25 22:31:15