p.adjust錯誤：'oderVector1'

Question

我遇到功能問題p.adjust。我有一個包含741個p值的列表，我想使用p.adjust()函數來糾正多個測試（FDR測試）。這是我到目前爲止有：

> x <- as.vector(pvalues1) 
> p.adjust(x, method="fdr" n=length(x)) 

但我得到以下錯誤

Error in order (p, decreasing = TRUE) : 
    unimplemented type 'list' in 'orderVector1' 

誰能幫助我？

Answer 1

你的問題是你的列表包含p值是已經是一個向量。你想要的是一個數字矢量。名單只是一般向量：

> l <- list(A = runif(1), B = runif(1)) 
> l 
$A 
[1] 0.7053136 

$B 
[1] 0.7053284 

> as.vector(l) 
$A 
[1] 0.7053136 

$B 
[1] 0.7053284 

> is.vector(l) 
[1] TRUE 

一種選擇是unlist()列表中，產生數值向量：

> unlist(l) 
     A   B 
0.7053136 0.7053284 

的的好處是它保留了名字。另一種是普通的舊as.numeric()，其失去的名字，但在其他方面一樣unlist()：

> as.numeric(l) 
[1] 0.7053136 0.7053284 

對於大的載體，你可能不希望在unlist()使用的名稱，因此一個替代方案，將加速該版本up：

> unlist(l, use.names = FALSE) 
[1] 0.7053136 0.7053284