使用帶子進程的單個命令運行100個文件

我想運行此命令大約100個文件（subset_1到subset_100）進行motif分析並存儲其各自的輸出。我試圖通過創建一個列表來初步使用子進程。建議我如何運行100個文件。使用帶子進程的單個命令運行100個文件

命令：

meme subset_*.fas -text -dna -mod anr -nmotifs 10 -w 8 -revcomp -maxsites 100 -bfile seqs.MEMEbkgr > subset_*.MEME

這裏是一個Python腳本我試圖：

import subprocess 
m = ['meme', 'subset_%s.fas', '-text', '-dna', '-mod', 'anr', '-nmotifs', 
    '1', '-w', '8', '-revcomp' '-maxsites' '100' '-bfile' 'seqs.MEMEbkgr' 
     '>' 'subset_%s.MEME'] 
for i in range(2): 
    finder_out = open("subset_%s", "w") 
    finder_out.close() 
    subprocess.call('m')

來源

2013-12-16 user2985098

你想要的所有100個文件追加到subset_.MEME文件？ – Back2Basics

沒有。我需要在一個單獨的文件中的每個子集 – user2985098

這是我正在嘗試的一個python腳本。導入子過程 m = ['meme'，'subset_％s.fas'，'-text'，'-dna'，'-mod'，'anr'，'-nmotifs'，'1'，'-w' （2）： finder_out = open（），'8' （「subset_％s」，「w」） finder_out.close（） subprocess.call（'m'） – user2985098

#as example to be short enough 
command = "meme subset_{filenum}.fas > subset_{filenum}.MEME" 

for i in range(100): 
    param={"filenum":i} #this is used to replace {filenum} with i in comnmand 
         #param is dict with string as key 
    command_t=command.format(**param) 
    print command_t 
    subprocess.call(command_t,shell=True)

來源

2013-12-16 19:54:03

使用帶子進程的單個命令運行100個文件

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