架構x86_64的未定義符號：getRNGstate（）和putRNGstate（）

我在C中編寫gibbs函數，並希望使用隨機數函數，如rnorm（）。架構x86_64的未定義符號：getRNGstate（）和putRNGstate（）

我的代碼是這樣的：

#include <stdio.h> 
#include <string.h> 
#include <R.h> 
#include <Rmath.h> 
void foo(int *nin, double *x) 
{ 
    int n = nin[0]; 

    int i; 
    GetRNGstate(); 

    for (i=0; i<n; i++) 
    { 
     x[i] = rchisq(2); 
     Rprintf("%f\n",x[i]); 
    } 
    // exit R random-gen routine 
    PutRNGstate(); 
}

然而，當我試圖在Xcode打造，該錯誤信息是：

> Undefined symbols for architecture x86_64: "_GetRNGstate", 
> referenced from: 
>  _gibbs in main.o "_PutRNGstate", referenced from: 
>  _gibbs in main.o "_Rf_rchisq", referenced from: 
>  _gibbs in main.o "_Rf_rnorm", referenced from: 
>  _gibbs in main.o "_Rf_runif", referenced from: 
>  _gibbs in main.o ld: symbol(s) not found for architecture x86_64 clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see 
> invocation)

我使用Xcode和我知道，我都R和R64bit。在終端$ R運行R64bit和我的Aquamacs也運行R64bit。我不知道它是否是不同版本的碰撞，如果是這樣，我如何說服Xcode正確地引用R？

順便說一句我發現R.h和rmath.h文件至少有3個地方！我不知道我應該在Xcode中重新定位哪條路徑！ 目前我正在添加與第三個相同的標題路徑。所有#include都可以正常工作。

R.Frameworks/Headers 
R.Frameworks/Versions/2.15/Resources/include 
R.Frameworks/Versions/Current/Resources/include

等

但無論哪種方式，沒有得到任何RNORM C函數（） - 像功能會有效和R可以通過dyn.load使用它（）。

所以請幫助！

非常感謝！

來源

2013-04-18 Lisa

那麼，我用終端編譯，比如R CMD SHLIB main.c，然後使用dyn.load（）blar blar ...它的工作原理！ wtf ...爲什麼Xcode無法弄清楚那些getRNGstate（）？ – Lisa

當您調用R CMD SHLIB時，請密切關注完整的gcc行 - 因爲R知道要鏈接的內容，它可以工作。我擔心你對Xcode的調用不完整。 –

謝謝Dirk，當我處理Xcode時，我只點擊Build按鈕，所以我實際上不知道Xcode調用哪個編譯器。我可以在R CMD中說SHLIB main.c實際上R是編譯器嗎？ – Lisa

僅分析編譯器輸出，它無法找到實現這些函數的代碼段。通常它們是在庫中實現的，也許你沒有向它傳遞你的代碼必須鏈接到的一組庫。

我想說的是，你必須編譯或驗證您的腳本編譯你的代碼類似的東西（假設你正在使用gcc編譯）：

的gcc -o程序main.o -llibrary1 -llibrary2 ...

其中這些庫來自於你的框架（只是要記住，如果你的庫稱爲libxxx.so你必須通過與gcc -lxxx）

來源

2013-04-18 16:13:25 Amadeus

感謝您的回覆！我認爲圖書館的路徑很好。因爲我添加了R /.../include到路徑中，至少Rprintf（）工作。這只是getRNGstate（）putRNGstata（）保持失敗..我不知道爲什麼。順便說一句，如果我在終端中使用R CMD SHLIB它再次工作..這是一個Xcode的問題？ – Lisa

你的問題是不完整和不重複性缺乏實際的代碼。有幾個問題，我可以建議：

有與R.前導下劃線所有你無法鏈接常規使用的符號，符號PutRNGstate()，Rf_rchisq()，...也許你只需要一個修復切換你意外設置？
從您的文章中不清楚您是否想要將某些內容作爲動態擴展加載到R中，或者是否要使用這些R函數編寫獨立程序。你可以做到這一點。
調用一個自寫函數可能是微不足道的。通過學習Rcpp，我們甚至可以做 cppFunction('double foo(int df) { return Rf_rchisq(df); }')並重復呼叫foo(3) （因爲Rcpp通過它的RNGScope類爲我們處理RNG狀態）。
如果您想單獨使用某些東西，請查看Writing R Extensions手冊和Rmathlib庫。我之前已經發布了一些小例子。

來源

2013-04-18 17:44:04

非常感謝您的回覆。我剛剛編輯我的帖子以顯示原始代碼。我這樣做的動機是，在R中我必須編寫一些for循環並且不能使用apply（），所以我想將該部分移到C中以加快速度。但是在循環內部，我已經使用了一系列R函數（比如說，RNG，apply（）等），所以我必須確保RNG的工作。實際上，後來也許我會看看apply（）是否適用於C.否則，我可能不得不將所有apply（）再次轉換爲for循環... – Lisa

我對cppFunction（）不熟悉。這是否意味着在c/cpp中，您可以擺脫RNGstate（）函數，但只需編寫rchisq（）？然後在R中的cppFunction中調用它呢？ – Lisa

總之，是的。 'rchisq（）'甚至是矢量化的，所以你可以在一次調用中得到'N'。但請閱讀Rcpp文檔 - 並參閱示例，例如http://gallery.rcpp.org –

架構x86_64的未定義符號：getRNGstate（）和putRNGstate（）

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