如何使用在別處創建的預集羣數據在R中創建樹狀圖？

我有用Java編寫的集羣代碼，從中我可以創建一個嵌套的樹結構，例如，下面顯示了第一次迭代中聚集了兩個「isRetired」對象的樹的一小部分，並且該組在第五次迭代中與「setIsRequired」聚類。括號中顯示了簇中對象之間的距離。如何使用在別處創建的預集羣數據在R中創建樹狀圖？

|+5 (dist. = 0.0438171125324851) 
    |+1 (dist. = 2.220446049250313E-16) 
     |-isRetired 
     |-isRetired 
    |-setIsRetired

我寧願出現在更傳統的樹狀圖的風格我的結果，它看起來像R有一些不錯的功能，但因爲我知道關於R非常小，我是如何利用他們不清楚。

是否有可能將Java結構寫入文件，然後用幾行R代碼生成樹形圖？從R計劃，我想這樣做：（？一「hclust」對象）從一個文件

讀入的數據結構
轉換數據結構爲樹形圖（使用「作爲-dendrogram情節‘

我想問題歸結爲R是否提供了從文件中讀取並且該字符串輸入轉換成（hclust一種簡單的方法「？）

使用顯示樹形圖’）對象。如果是這樣，輸入文件中的數據應該是什麼樣子？

來源

2011-05-10 kc2001

我認爲你要找的是phylog。您可以用Newick符號將文件打印在文件中，解析出來並構建一個可輕鬆可視化的phylog對象。網頁的結尾給出了一個如何做到這一點的例子。你也可以考慮phylobase。儘管您不希望這些包提供的全部功能，但您可以搭載它們用於表示樹和其繪圖功能的構造。

編輯：它看起來像一個類似的問題已經問here之前提供了一個更簡單的解決方案。所以基本上，你需要在這裏編碼的唯一東西就是你的Newick解析器或者你想從Java輸出的任何其他表示的解析器。

來源

2011-05-11 01:25:13 diliop

+1指向其他工具和Newick符號。我希望花費比在R中編寫解析器更少的工作。我希望能夠與hc2Newick（http://ugrad.stat.ubc.ca/R/library/ctc/html/hc2Newick.html）互補。與此同時，Dendroscope（http://ab.inf.uni-tuebingen.de/software/dendroscope/）看起來像是一種有前途的工具，可以用Newick格式繪製樹狀圖。 – kc2001 2011-05-12 00:54:06

在仔細觀察之後，我發現phylog和phylobase似乎都使用了ape軟件包，所以它似乎是迄今爲止最「最小」的軟件包（雖然它比*只有樹狀圖更多*）。 – kc2001 2011-05-16 05:00:00

ape（分析系統發育和進化）軟件包包含樹狀圖繪製功能，並且它能夠讀取Newick format中的樹。因爲它是一個可選包，你需要install它。理論上容易使用，例如以下命令可以生成一個樹狀圖：

> library("ape") 
> gcPhylo <- read.tree(file = "gc.tree") 
> plot(gcPhylo, show.node.label = TRUE)

Dendrogram produced using APE

我的主訴迄今的是，很少有診斷信息時，有含在Newick格式樹信息的文件的語法麻煩。我已經成功地用其他工具讀取這些相同的文件（在某些情況下，這可能是因爲這些工具在語法上可以忽略某些錯誤）。

您還可以使用phylog軟件包生成樹狀圖，如下所示。

> library(ade4) 
> newickString <- system("cat gc.tree", intern = TRUE) 
> gcPhylog <- newick2phylog(newickString) 
> plot(gcPhylog, clabel.nodes=1)

Dendrogram produced using Phylog

既可以在Newick格式樹木工作，都有許多繪圖選項。

來源

2011-05-16 04:47:31 kc2001

如何使用在別處創建的預集羣數據在R中創建樹狀圖？

回答

相關問題