評估BLASTn評分的重要性？

Question

我正在運行獨立的命令行blast來對許多查詢序列對核苷酸的大型數據庫序列進行比對。我可以修改blastn程序的命令行參數以更改各種參數，例如匹配/不匹配分數。

我在想 - 對於blastn輸出的「比特分數」，比較相同查詢和數據庫序列但不同匹配/不匹配參數的比對的比特分數是否有意義？我試圖評估爆炸如何以各種參數值表現出來，但我想確保所有事情都在正確的比較。謝謝。

Answer 1

我不清楚爲什麼你認爲比較比分可以讓你瞭解BLAST的表現有多好。通常的做法是，在大量的BLAST和其他對齊程序上進行的工作是基於查看本地的，未對齊的對齊，並將這些理論擴展到空隙對齊。特別地，比特得分計算如下：

S' = (lambda * S - ln(K))/ln(2) 

在上式中，K和λ是您的替換矩陣的常數，S是得分（取代和間隙分數的總和），並且S」是比特得分。這意味着您的比特分數肯定會因爲改變缺口開放/缺口擴展參數而改變，這意味着您的比較無效。這是一個不幸的結果，即關於缺口排列的理論很少，所以給定系統的最優缺口分數必須憑經驗來衡量。

由於比特得分不具有可比性，我建議您根據不涉及比對得分的備用數據集進行評估。例如，如果我對用於比較蛋白質序列的最佳空位開放/空位延伸參數感興趣，我可以查看已知結構的蛋白質，並根據其能力進行比對來評估每個參數集，從而使結構有意義。這樣可以避免完全比較比對分數，這是很好的，因爲比較比分本身並不明顯。

Answer 2

我不確定你能做到這一點。 你真的需要改變匹配/不匹配參數嗎？你的目標是什麼？

Answer 3

比特得分不一定是可比的。從NCBI網站上的BLAST文檔：

「比特得分被歸一化，這意味着即使使用了不同的得分矩陣，也可以比較來自不同比對的比特得分。」

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bookshelf/br.fcgi?book=handbook&part=ch16