2013-04-21 46 views
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我想編寫一個PyMOL腳本來改變XYZ位置上的氨基酸的顏色(或以某種方式在XYZ位置放置一些標記的標記)。改變取出的氨基酸的顏色

有沒有人知道如何做到這一點?

感謝

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你需要通過位置和殘基顏色?所以,你會在一個位置上比LEU在不同位置染色,比如說LEU? – MichaelJCox 2013-04-21 13:10:18

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我需要編寫一個腳本來標記(如何)在PyMOL中的氨基酸圖形表示中的SNP。 – orwe 2013-04-22 19:26:16

回答

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你知道pseudoatom和PyMOL的label

# to create a banner at certain position 
pseudoatom mypsatm, pos=[10.0,10.0,10.0] 
show spheres, mypsatm 
color red, mypsatm      # now you see me 
hide everything, mypsatm 
label mypsatm, 'How about this'  # only show banner 

# to select residues close to that position 
select mysel, byres mypsatm around 4 # 4 Angstroms around mypsatm 
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那正是我在找的:)。我可以指定氨基酸編號而不是位置嗎? //在'IVGGQ' – orwe 2013-05-10 20:09:01

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當然可以添加'V'的標籤。如果您的殘差ID是2,則使用:**選擇myres,resi 2 **。看看這裏:http://pymolwiki.org/index.php/Property_Selectors – HongboZhu 2013-05-13 09:09:43