我想要一個PyMOL腳本來自動繪製給定結構的鍵，例如所有鈀原子之間或所有鈀原子和硫原子之間。 我可以通過bond命令手動做到這一點，但需要知道原子的標識符： bond id 3, id 4
bond id 2, id 6
...
我怎樣才能一次創建了所有需要的債券呢？ 如果只創建一個鍵，如果原子之間的距離在特定的截止半徑範圍內，這也會有幫助。
我想創建一個用於在PyMol中更改交互名稱的循環。但是在一個選擇循環之後，它崩潰並且不起作用。 def get_dists(interactions): # interactions=([1,2], [3,4])
for i in interactions:
a = "////" + str(i[0]) + "/C2'"
b = "////" + str(i[1
我試圖從python更改pymol中的許多對象的顏色。我從PyMOL的做for循環 obs = ['R8', 'R1X', 'R2X', 'R11']
for i in obs:
print "color gray, %s" % i
我跑 run myscript.py
但PyMOL的界面簡單地打印應該改變顏色，並且不改變結構的顏色的命令。
我已經寫了一個python腳本，它接受一個上游結果並將其輸出爲一個pml腳本（一系列PyMoL命令）。當我在pymol中運行文件時，一些命令運行，但命令行返回'無效選擇'選擇器錯誤。 例如，該腳本返回文本行如： fetch 3MPF
create 3MPFB63,3MPF and c. B and i. 63-68
remove 3MPF
align 3MPFB63, ref
當腳本在P