如何解決安裝Cufflinks和Boost時發生的問題？

Question

我在安裝Cufflinks時遇到問題。在安裝Cufflinks之前，我先安裝了Boost：

bjam --prefix=/Users/jimmy/Downloads/boost_1_46_1/ toolset=gcc link=static install 

這似乎沒關係。

但是，安裝Cufflinks時，似乎安裝Boost時出現問題。見下面的錯誤：

checking for python script directory... ${prefix}/lib/python2.7/site-packages 
checking for python extension module directory... ${exec_prefix}/lib/python2.7/site-packages 
checking for boostlib >= 1.38.0... configure: error: We could not detect the boost libraries (version 1.38 or higher). If you have a staged boost library (still not installed) please specify $BOOST_ROOT in your environment and do not give a PATH to --with-boost option. If you are sure you have boost installed, then check your version number looking in <boost/version.hpp>. See http://randspringer.de/boost for more documentation. 
dhcp128036164110:cufflinks-1.0.3 jimmy$ ./configure --prefix=/Users/jimmy/Downloads/ --with-boost=/Users/jimmy/Downloads/boost_1_46_1/ 

如果我錯過了什麼，你能告訴我現在怎麼了？謝謝。

PS：我使用的是Mac OS X（非Windows）

Answer 1

這裏是我用來從Linux Redhat的64位系統上的來源沒有root權限安裝袖釦一個完整的過程。

安裝升壓

1.創建一個目錄來安裝到
mkdir ~/bin/boost_1_55_0

2.下載加速
wget http://sourceforge.net/projects/boost/files/boost/1.55.0/boost_1_55_0.tar.gz

3.解壓升壓
tar xzvf boost_1_55_0.tar.gz

4.切換到升壓目錄
cd boost_1_55_0

5.運行bootstrap.sh腳本
./bootstrap.sh

6.運行腳本B2
./b2

7.運行b2腳本再次安裝
./b2 install –prefix=/lustre/home/jernest1/bin/boost_1_55_0

8.添加安裝目錄在〜/ .bashrc

添加/光彩的/ home/jernest1 /斌/ boost_1_55_0/lib中的幾個環境變量LD_LIBRARY_PATH
添加/光彩的/ home/jernest1/boost_1_55_0到一個新的變量BOOST_ROOT
添加/光彩的/ home/jernest1/boost_1_55_0到一個新的變量CPLUS_INCLUDE_PATH

9.信號源的〜/ .bashrc
source .bashrc

安裝SAM工具

1。下載SAM工具
wget http://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/0.1.17/samtools-0.1.17.tar.bz2

2.解壓
tar jxvf samtools-0.1.17.tar.bz2

3.移動到samtools目錄
cd samtools-0.1.17

4.運行make
make

5.建立新目錄把SAM庫文件，如果他們不存在
mkdir –p ~/bin/lib
mkdir –p ~/bin/include/bam

6.複製libbam.a文件到〜/斌/ lib中/
cp libbam.a ~/bin/lib/

7.複製頭文件到〜/斌/包含/ BAM/
cp *.h ~/bin/include/bam/

8.將samtools可執行程序的目錄在PATH
cp samtools ~/bin/

9. BAM目錄添加到在〜/ .bashrc

安裝徵新的變量BAM_ROOT文庫

1.下載特徵庫
wget http://bitbucket.org/eigen/eigen/get/3.2.3.tar.gz

2.拆開
tar xzvf 3.2.3.tar.gz

3.移動到本徵目錄
cd eigen-eigen-36fd1ba04c12

4.複製本徵子目錄到〜/斌/包含/
cp -r eigen-eigen-36fd1ba04c12/Eigen/ ~/bin/include/

安裝袖釦

選項1：安裝正式發佈

1.一個目錄來存放安裝。
mkdir cufflinks_2.2.1

2.移動到該目錄 cd cufflinks_2.2.1

3。下載袖釦
wget http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/assets/downloads/cufflinks-2.2.1.tar.gz

4.打開
tar xzvf cufflinks-2.2.1.tar.gz

cd cufflinks-2.2.1

5.運行配置腳本
./configure --prefix=/lustre/home/jernest1/cufflinks_2.2.1 --with-eigen=/lustre/home/jernest1/eigen-eigen-36fd1ba04c12/Eigen --with-bam=/lustre/home/jernest1/bin --with-boost=/lustre/home/jernest1/bin/boost_1_55_0

6.運行make
make

7.運行make install的
make install

可選，複製〜/ cufflinks_2.2.1 /斌/袖釦到〜/斌/

選項2：從安裝Github項目

1.將目錄安裝到
mkdir cufflinks_2014-12-11

2.移動到該目錄
cd cufflinks_2014-12-11

2.下載Github上項目
點擊 「HTTPS URL克隆」 按鈕將URL位置保存到剪貼板

下載
git clone https://github.com/cole-trapnell-lab/cufflinks.git

4.運行autogen.sh以configure.ac轉換成配置
./autogen.sh

5.運行配置腳本
./configure --prefix=/lustre/home/jernest1/cufflinks_2014-12-11 --with-eigen=/lustre/home/jernest1/eigen-eigen-36fd1ba04c12/Eigen --with-bam=/lustre/home/jernest1/bin --with-boost=/lustre/home/jernest1/bin/boost_1_55_0

6.運行make
make

7 。運行make install
make install

可選，複製〜/ cufflinks_2014-12-11 /斌/袖釦到〜/斌/