錯誤：在格蘭傑斯無效鏈水平

我想用我從MGI下載的基因列表做一個Granges對象。錯誤：在格蘭傑斯無效鏈水平

這是鏈信息列 > mm9genes$X.3 給我 Levels: - +

然而，當我使用這個代碼..

`GRanges(seqnames = Rle("chr12", 322), 
       ranges = IRanges(start = mm9genes$X, end = mm9genes$X.1), 
       strand = Rle(mm9genes$X.3), 
       symbol = mm9genes$X.2)`

我得到錯誤 Error in .local(x, ...) : invalid strand levels in 'x': - , + 我很新的這並試圖從中吸取教訓。將感謝任何幫助。

來源

2017-04-15 PDM

請仔細閱讀【如何使一個偉大的[R重複的例子？（http://stackoverflow.com/questions/5963269/how-to-make-a-great-r-reproducible-example） – Masoud

我想清楚是什麼問題。

與 library(GenomicRanges) strand(mm9genes$X.3) Error in .local(x, ...) : invalid strand levels in 'x': - , +

快速檢查給

str(mm9genes$X.3) Factor w/ 3 levels "-","- ","+ ": 1 3 3 2 2 2 3 2 2 2 ...

所以我修剪空格後- $ +與 library(stringr) mm9genes$X.3 <- str_trim(mm9genes$X.3)

以下advices and here。現在，下面的工作。

GRanges(seqnames = Rle("chr12", 322), ranges = IRanges(start = mm9genes$X, end = mm9genes$X.1), strand = mm9genes$X.3, symbol = mm9genes$X.2)

來源

2017-04-17 12:24:19 PDM

錯誤：在格蘭傑斯無效鏈水平

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