一次讀取4行

Question

我正在嘗試一次讀取fastq文件的四行。文件中有幾行。但是當我把我的代碼，我得到這個：

Traceback (most recent call last):

File "fastq.py", line 11, in

line1 = fastq_file.readline()

AttributeError: 'str' object has no attribute 'readline'

這是我的代碼：

import Tkinter, tkFileDialog #asks user to select a file 

root = Tkinter.Tk() 
root.withdraw() 

fastq_file = tkFileDialog.askopenfilename() 

if fastq_file.endswith('.fastq'): #check the file extension 
    minq = raw_input("What is your minimum Q value? It must be a numerical value.") #receives the minimum Q value 
    while True: 
     line1 = fastq_file.readline() 
     if not line1:break 
     line2 = fastq_file.readline(2) 
     line3 = fastq_file.readline(3) 
     line4 = fastq_file.readline(4) 

    txt = open(practice.text) 
    txt.write(line1) #puts the lines into the file 
    txt.write("\n") 
    txt.write(line2) 
    txt.write("\n") 
    txt.write(line3) 
    txt.write("\n") 
    txt.write(line4) 
    txt.write("\n") 
    print "Your task is complete!" 

else: 
    print "The file format is not compatible with the FastQ reader program. Please check the file and try again." 

我將如何解決它，這樣我可以每行分配給一個字符串，然後寫那些文本文件中的字符串？

Answer 1

您需要打開該文件第一

while True: 
    with open(fastq_file) as fastq_file_open: 
     line1 = fastq_file_open.readline() 

你可能想打開它們之前，你真正得到的，而循環，但我沒有你的代碼的其餘部分，所以我不能精確地構造它。

Answer 2

你必須像這樣打開文件。

fastq_file = open("fastq_file","r") 

然後執行你的代碼。

還有。

txt = open("practice.text","w") # you have to pass a string and open it in write mode. 

順便說一句，你不需要使用readline(<number>)，它只讀取從當前光標位置<number>字符。執行一個readline()後，光標移到下一個換行符後面，然後在下一個readline()處開始從那裏讀取。所以只需使用readline()。

無論如何，我不知道你想達到什麼目的。但代碼看起來像你試圖將上下文從fastq_file複製到practice.text，這可以通過複製文件（使用shutil.copyfile）完成。

Answer 3

什麼是fastq_file？你的代碼不正確。如果fastq_file是文件描述符，則它不能是str對象。