fastq

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爲什麼FastQC在使用Trim之後不工作？

我有一個FASTQ文件，我可以運行FASTQC程序來分析文件。但是當我使用trim_galore時，FASTQC（或trim_galore中的FASTQC選項）不再有效。 $ fastqc ./sub1_val_1.fq.gz 這是輸出： Started analysis of sub1_val_1.fq.gz Analysis complete for sub1_val_1.fq.gz

unix bioinformatics fasta fastq 2016-08-01

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循環通過配對結束fastq讀取

如何循環通過配對結束fastq文件？對於單端讀取，你可以做以下 library(ShortRead) strm <- FastqStreamer("./my.fastq.gz") repeat { fq <- yield(strm) if (length(fq) == 0) break #do things writeFasta(fq,

r dna-sequence fastq 2017-02-17

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計數和除去字符在不同的行

我在FASTQ格式，DNA序列數據這需要每記錄一個4行的格式： @序列報頭信息 序列 + 質量分數 序列行中的每個字符在質量得分線中都有相應的字符。所有序列包含8-9個鹼基的條形碼序列，接着是表示生物序列起點的引物區域。在條形碼前面，可能有或可能不存在一些垃圾箱。我需要根據條形碼將序列（及其相關信息）分成單獨的文件，並在引物之前刪除所有內容。對於序列本身，我可以使用grep做到這一點和sed（通過

bash awk sed fastq 2017-07-17

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Nanopore工具設計用於分析fastq文件格式？

我剛剛收到我的第一個納米孔數據集併發送了fastq文件。我期待着一個fast5文件，現在我不知道如何開始過濾數據。我遇到的大多數工具（NanoOK，poretools）都處理fast5格式，儘管它們都提供了從fast5轉換到fastq的方式，但他們的工具只需要fast5輸入。 當我嘗試使用fastq_quality_filter我得到一個堆棧溢出錯誤...

stack-overflow fastq stack-smash 2017-07-21

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從SeqIO.index生成的字典中刪除項目

我正在使用Python 2.6.6，並且我試圖刪除中的，它們與file1中的讀取重疊（即相同）。這裏是代碼我想實現： ref_reads = SeqIO.index("file1.fastq", "fastq") spk_reads = SeqIO.index("file2.fastq", "fastq") for spk in spk_reads: if spk in ref_r

python dictionary bioinformatics biopython fastq 2017-09-13

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即使聲明瞭變量，「全局符號也需要顯式包名」

我試圖將fastq文件轉換爲fasta文件。這是我的代碼。 #!/usr/bin/perl use warnings; use strict; use vars; my $input=$ARGV[0]; my $output=$ARGV[1]; my $qual_length = 0 ，這是錯誤信息 syntax error at newfastq.pl line 9, near

perl fasta fastq 2016-11-22

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如何從perl中的stdin和文件中進行透明的gzip解壓縮？

我已經編寫了幾個用於處理FASTA/FASTQ文件的腳本（例如fastx-length.pl），但希望使它們更通用，並且同時接受壓縮文件和未壓縮文件作爲命令行參數和標準輸入（以便腳本「只是工作「，當你扔在他們的隨機文件）。對於我來說，處理未壓縮和壓縮的文件（例如壓縮讀取文件，未壓縮的組裝基因組）是很常見的，並且像<(zcat file.fastq.gz)這樣的插槽會很快變得煩人。 下面是來自fas

fasta fastq compression perl 2017-06-10

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在python中查找兩個字符串之間的特定模式 - fastq文件 - 測序讀取

我試圖在python中編寫代碼，這將幫助我查找兩個特定字符串之間的字符串。當我用一個字符串實現代碼時，我會得到所需的輸出。但是，我需要在一系列序列中匹配模式。它一直拋出我一個錯誤。 定義一個函數來尋找兩個用戶指定的序列之間的模式： import re def find_between(prefix, suffix, text): pattern = r"{}\s*(.*)\s*{}".form

python pattern-matching jupyter-notebook fastq sequencing 2017-06-20

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潤多行同時bash的

所以我工作在一個集羣中的腳本，我需要運行這個命令： convert_fastaqual_fastq.py -f ITS_C1-5_rRNA.fq -c fastq_q_to_fastaqual convert_fastaqual_fastq.py -f ITS_C3-2_rRNA.fq -c fastq_q_to_fastaqual convert_fastaqual_fastq.py -f

bash fastq 2017-03-15

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awk：匹配之前和之後的輸出行

我剛開始使用bash，並且提出了有關使用'grep'循環'while'的問題的這個問題： grep issues when using two files - I've tried everything。 由於以下問題，我被告知在循環中使用'awk'而不是'grep' https://unix.stackexchange.com/questions/169716/why-is-using-a-sh

unix awk fastq 2017-08-16

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