嘗試在MATLAB中使用parfor（並行for循環）時出錯

我正在處理一個非常大的矩陣，因此想要在MATLAB中使用並行計算來運行羣集。在這裏，我已經創建使用稀疏矩陣：嘗試在MATLAB中使用parfor（並行for循環）時出錯

Ad = sparse(length(con)*length(uni_core), length(con)*length(uni_core));

我有一個書面的功能adj使用，我可以填滿基Ad。每次循環運行時，從函數adj中我得到一個方形對稱矩陣，將在第一個索引中指定從3682*(i-1)+1到3682 *(i-1)+3682，同樣在第二個索引中指定。這是顯示在這裏：

parfor i = 1:length(con) 
    Ad((3682*(i-1))+1:((3682*(i-1))+3682), ... 
    (3682*(i-1))+1:((3682*(i-1))+3682)) = adj(a, b, uni_core); 
end

在一個正常的循環它運行沒有任何問題。但在parfor並行計算中，我收到一個錯誤，說明在使用帶有parfor的分片陣列時存在問題。

來源

2011-03-23 sushma

來自PARFOR循環的輸出必須是減少變量（例如，計算求和）或「切片」。有關更多信息，請參閱文檔中的this page。

就你而言，你試圖形成一個「切片」輸出，但是你的索引表達式對於PARFOR來說太複雜了。在PARFOR中，分片輸出必須通過以下方式進行索引：一個下標的循環變量，以及其他下標的某個常量表達式。常量表達式必須是:,end或文字標量。下面的例子顯示了幾個分割輸出：

x3 = zeros(4, 10, 3); 
parfor ii = 1:10 
    x1(ii) = rand; 
    x2(ii,:) = rand(1,10); 
    x3(:,ii,end) = rand(4,1); 
    x4{ii} = rand(ii); 
end

在你的情況，你的索引表達式轉換成廣告太複雜了PARFOR處理。也許你可以做最簡單的事情就是返回的計算，一個單元陣列，然後使用常規FOR循環其注入Ad在主機端，就像這樣：

parfor i = 1:length(con) 
    tmpout{i} = ....; 
end 
for i = 1:length(con) 
    Ad(...) = tmpout{i}; 
end

來源

2011-03-23 07:51:54 Edric

這似乎是非常有用的...非常感謝你。我會立即嘗試，並會發布，如果任何進一步的問題。 – sushma 2011-03-25 06:16:46

Edric has already explained爲什麼你得到一個錯誤，但我想提出一個解決方案的另一個建議。您正在創建的矩陣Ad由沿着主對角線的一系列3682-by-3682塊組成，其他地方都爲零。一種解決方案是首先在PARFOR循環中創建塊，並將它們存儲在單元陣列中。然後可以用一個呼叫它們全部合併成一個矩陣的函數BLKDIAG：

cellArray = cell(1,length(con)); %# Preallocate the cell array 
parfor i = 1:length(con) 
    cellArray{i} = sparse(adj(a,b,uni_core)); %# Compute matrices in parallel 
end 
Ad = blkdiag(cellArray{:});

所得矩陣Ad將疏，因爲每個塊被放置在所述單元陣列中之前被轉換爲一sparse matrix。

來源

2011-03-23 14:09:34 gnovice

函數我從來不知道它的存在，非常感謝你的回覆我會試試這個。 – sushma 2011-03-25 06:18:29

嘗試在MATLAB中使用parfor（並行for循環）時出錯

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