的R - 參數在命令行錯誤

Question

假設我有一個數據幀，看起來像這樣：

SNP Frequency 
A  20 
B  50 
C  7 

（真正的數據幀當然有更多的行。）

我想怎麼辦將一些參數傳遞給命令行，這將允許我在命令行中設置輸入數據幀和頻率。這是我曾嘗試：

args = commandArgs() 
df <-args[1] 
freqsub <- subset(df, args[2],header=TRUE) 

在args[2]部分我通常具有的Frequency > somenumber

我知道如何去解決它，當我有df <- args[1]，但args[2]沒有。

$ Rscript sumtest.R test.txt Frequency>20 

"Error in subset.default(df, args[2], header = TRUE) : 
    argument "subset" is missing, with no default 
Calls: subset -> subset.default 
Execution halted" 

任何想法？如果需要更多信息，很高興編輯（我無法確定是否是這種情況，對不起）。

Answer 1

我認爲你必須使用選項trailingOnly = TRUE：

args = commandArgs (trailingOnly = TRUE) 

否則ARGS [1] ARGS [2]不是你期待什麼？

隨着trailingOnly = FALSE你在得到args的第一個職位是關於R進程如何運行的信息。

你可以這樣做：

print (args) 

在你的shell，看看有什麼是你真正在args矢量擁有。

除此之外「頻率> 20」將在args [2]作爲一個字符...所以你必須處理它，如果你想有作爲subset函數的參數。

在這種情況下，我只會將數字作爲參數讀入args [2]。然後，你可以這樣做：

subset(df, Frequency > as.numeric (args[2]), header=TRUE) 

---

所以按照你的意見我會做2個R腳本：

第一個只是爲了確保您閱讀的正確的參數爲：

args = commandArgs (trailingOnly = TRUE) 
myfile = args[1] 
myfreq = as.numeric (args[2]) 
print (myfile) 
print (myfreq)  

這你必須在你的shell中運行它：

Rscript script1.R file.txt 5 

，你應該得到這樣的輸出：

file.txt 
5 

在你的第二個腳本做：

myfile = "file.txt" 
myfreq = 5 

## and all computations you need 
df = read.table (myfile, ... 
subset(df, myfreq, ...) 

調試第二個文件（交互），直到它的工作原理，然後更改前兩行：由（3）第一個文件中的commandArgs行。