使用for循環或sapply創建ROC曲線

Question

經過大量搜索後，我找不到解決問題的答案。我想使用for循環或sapply生成一個ROC曲線，並使用pROC pakkage。

我的數據庫看起來像這樣（只適用於26個colums和74行）：

PT Bpt PA mnT1G mnT01 
1 1 1 2.3 4.5 
1 2 0 1.2 3.2 
2 1 1 5.4 2.1 

我可以做一個ROC曲線 '手動'：

plot.new() 
roc1 <- roc(cor.datT$PA, cor.datT$mT1G, percent=TRUE, partial.auc=c(100, 90), partial.auc.correct=TRUE, 
      partial.auc.focus="sens", ci=TRUE, boot.n=100, ci.alpha=0.9, stratified=FALSE, plot=TRUE, col= 'red') 
roc2 <- roc(cor.datT$PA, cor.datT$mT01, plot=TRUE, add=TRUE, percent=roc1$percent, col = 'blue') 

對於 '自動' 我想：

首先ROC曲線總是mnT1G：

rocT1G <- roc(cor.datT$PA, cor.datT$mnT1G, percent=TRUE, partial.auc=c(100, 90), partial.auc.correct=TRUE, partial.auc.focus="sens", ci=TRUE, boot.n=100, ci.alpha=0.9, stratified=FALSE, plot=TRUE, col= 'red') 

添加其他roc曲線（數據$ Img是來自另一個數據幀的所有圖像名稱（如T1G，T01等）。據我所知，他們都將是藍：

sapply(unique(data$Img[data$Img != "T1G"]), FUN = function(i) paste("roc",i,sep="") <- roc(cor.datT$PA, cor.datT[paste("mn",i, sep = "")], plot=TRUE, add=TRUE, percent=rocT1G$percent, col = 'blue'), simplify = FALSE) 

但我得到這個錯誤：

Error in roc.default(cor.datT$PA, cor.datT[paste("mn", i, sep = "")], : Predictor must be numeric or ordered.

情況與此相同的循環：

for (i in unique(data$Img[data$Img != "T1G"])){ 
    plot.new() 
    rocT1G <- roc(cor.datT$PA, cor.datT$mnT1G, percent=TRUE, partial.auc=c(100, 90), partial.auc.correct=TRUE, partial.auc.focus="sens", ci=TRUE, boot.n=100, ci.alpha=0.9, stratified=FALSE, plot=TRUE, col= 'red') 
    paste("roc",i,sep="") <- roc(cor.datT$PA, cor.datT[paste("mn",i, sep = "")], plot=TRUE, add=TRUE, percent=rocT1G$percent, col = 'blue') 
} 

我檢查了列，它們都是數字。所以，我的腳本中的類可能會出現問題？

Answer 1

正如你在對我的另一個答案的評論中指出的那樣，問題在於你得到的是特定的data.frame s。

在data.frame中，使用單個字符進行提取時會返回data.frame。這是記錄在?Extract.data.frame：

Data frames can be indexed in several modes. When [ and [[ are used with a single vector index (x[i] or x[[i]]), they index the data frame as if it were a list.

而綜觀?Extract：

Recursive (list-like) objects

Indexing by [ is similar to atomic vectors and selects a list of the specified element(s).

這不是從文本那麼明顯，但爲了提取柱插入載體，則需要使用兩個括號[[，所以

class(cor.datT[[paste("mn",i, sep = "")]]) 

應該是一個向量。

現在下面的代碼應該運行：

rocT1G <- roc(cor.datT$PA, cor.datT$mnT1G, percent=TRUE, partial.auc=c(100, 90), partial.auc.correct=TRUE, partial.auc.focus="sens", ci=TRUE, boot.n=100, ci.alpha=0.9, stratified=FALSE, plot=TRUE, col= 'red') 
for (i in unique(data$Img[data$Img != "T1G"])){ 
    roc(cor.datT$PA, cor.datT[[paste("mn",i, sep = "")]], plot=TRUE, add=TRUE, percent=rocT1G$percent, col = 'blue') 
} 

Answer 2

您的列之一不像您期望的那樣。不幸的是，從R上的錯誤信息不會在發生問題的循環中，其反覆告訴你，但你可以很容易地添加print語句將循環找出哪一列產生問題

for (i in unique(data$Img[data$Img != "T1G"])){ 
    print(i) 
    plot.new() 
    rocT1G <- roc(cor.datT$PA, cor.datT$mnT1G, percent=TRUE, partial.auc=c(100, 90), partial.auc.correct=TRUE, partial.auc.focus="sens", ci=TRUE, boot.n=100, ci.alpha=0.9, stratified=FALSE, plot=TRUE, col= 'red') 
    paste("roc",i,sep="") <- roc(cor.datT$PA, cor.datT[paste("mn",i, sep = "")], plot=TRUE, add=TRUE, percent=rocT1G$percent, col = 'blue') 
} 

最後一列數打印將是一個。你可以看到正在發生的事情與列：在

str(cor.datT) 

檢查出character或factor類的列

class(cor.datT[paste("mn",i, sep = "")]) 
str(cor.datT[paste("mn",i, sep = "")]) 

更普遍，可以檢查數據幀的所有列得相當快特定。