對於Seq對象數組，有沒有Bio :: IO :: ScalarArray的等價物？

Question

在Perl中，我們有IO::ScalarArray用於處理數組的元素，如文件的行。在BioPerl中，我們有Bio::SeqIO，它可以生成一個文件句柄，讀取和寫入Bio::Seq對象，而不是表示文本行的字符串。我想做兩者的結合：我想獲得一個句柄，它從一組這樣的對象中讀取連續的Bio::Seq對象。有沒有辦法做到這一點？對我來說，實現一個這樣做的模塊會是微不足道的嗎？

我想要這樣做的原因是我希望能夠編寫一個子程序，它接受Bio::SeqIO句柄或Bio::Seq對象的數組，並且我希望避免根據什麼類型的輸入來編寫單獨的循環我明白了。也許下面比編寫我自己的IO模塊更好？

sub process_sequences { 
    my $input = $_[0]; 

    # read either from array of Bio::Seq or from Bio::SeqIO 
    my $nextseq; 
    if (ref $input eq 'ARRAY') { 
     my $pos = 0 
     $nextseq = sub { return $input->[$pos++] if $pos < @$input}; } 
    } 
    else { 
     $nextseq = sub { $input->getline(); } 
    } 

    while (my $seq = $nextseq->()) { 
     do_cool_stuff_with($seq) 
    } 
} 

Answer 1

您的解決方案看起來應該可以工作。除非你真的想花大量的時間來解決這個問題，否則就一起去吧，直到你不再喜歡它爲止。我可能會寫，像這樣可以避免輸入變量名幾次：

my $nextseq = do { 
    if (ref $input eq ref []) { 
     my $pos = 0; #maybe a state variable if you have Perl 5.10 
     sub { return $input->[$pos++] if $pos < @$input} } 
     } 
    else { 
     sub { $input->getline() } 
    } 
} 

如果你有興趣的迭代器，不過，看看馬克·傑森·多明斯的Higher Order Perl，在那裏他說話的方式做一下各種這些事情。