當我在窗口上安裝python的samtools時出錯

Question

我想在python 3.4上安裝pysam和pybedtools模塊。但我得到一個錯誤：

Collecting pysam 
    Using cached pysam-0.9.0.tar.gz 
    Complete output from command python setup.py egg_info: 
    '.' is not recognized as an internal or external command, 
    operable program or batch file. 
    # pysam: htslib mode is shared 
    # pysam: htslib configure options: None 
    Traceback (most recent call last): 
     File "<string>", line 1, in <module> 
     File "C:\Users\ikirov.CLO\AppData\Local\Temp\pip-build-_me_xeme\pysam\setup.py", line 212, in <module> 
     sys.abiflags)] 
    AttributeError: 'module' object has no attribute 'abiflags' 

你能幫我嗎？

Answer 1

嗨我去年在我的一堂課中得到了同樣的錯誤。

正如我當時所知，pysam根本不會在python3 + windows環境下工作。 看到這個：https://github.com/pysam-developers/pysam/issues/353貌似現在還沒有解決。

對於我的功課，我只是用這個http://bow.codeplex.com/

而且我的建議，只是嘗試使用Linux或獲得python2。是的，我知道科學領域是2→3過渡最慢的。它很爛。