pysam

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我想在python 3.4上安裝pysam和pybedtools模塊。但我得到一個錯誤： Collecting pysam Using cached pysam-0.9.0.tar.gz Complete output from command python setup.py egg_info: '.' is not recognized as an internal

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重定向標準輸出當使用pysam模塊我想標準輸出重定向到一個文件，如下所示文件

： bam=sys.argv[1] samfile = pysam.AlignmentFile(bam, "rb") for alignment in samfile: reverse=isReverse(alignment.flag) if (reverse): outfile = pysam.AlignmentFile("-", "w", template=

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多進程，讀取同一文件的各種進程

我想模擬一些dna-sequencing讀取，並且爲了加速代碼，我需要並行運行它。基本上，我想要做的是以下幾點：我從人類基因組中取樣讀取，並且我認爲從多處理模塊的兩個過程中的一個嘗試從相同的文件（人類基因組）中獲取數據進程被破壞，無法獲得所需的DNA序列。我嘗試過不同的事情，但我對並行編程非常陌生，並且我無法解決我的問題當我使用一個內核運行腳本時，它工作正常。這是我調用該函數 if __nam

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Python消費一對迭代器

我想了解Python的迭代器在pysam module的上下文中。通過在所謂的AlignmentFile類上使用fetch方法，可以獲得由來自文件file的記錄組成的正確的迭代器iter。我可以使用各種不同的方法來訪問每個記錄（迭代器），比如名字與query_name： import pysam iter = pysam.AlignmentFile(file, "rb", check_sq=Fa

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在Anaconda更新軟件版本

我已經在我的Ubuntu 14.04上使用Anaconda安裝了python和許多其他有用的工具。我安裝使用 conda install pysam 然而，這將安裝舊版本（0.6）pysam（htslib接口蟒蛇）。當前版本是0.8.4。我如何使用conda安裝該版本。我不想使用pip install pysam，因爲我在某處可能會導致問題。謝謝。

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Samtools pysam隊友

我正在使用pysam對.bam文件進行圓頂數據挖掘。我想檢查一個閱讀是否有映射隊友。如果隊友沒有被映射命令 mate = samfile.mate(read1) 拋出一個錯誤，所以如果我做 if samfile.mate(read1): ... 拋出一個錯誤，太。任何其他方式來檢查讀取是否有映射隊友？謝謝。

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如何緩存讀取？

我正在使用python/pysam來分析測序數據。在其教程（pysam - An interface for reading and writing SAM files）的命令隊友說： '這種方法對於高吞吐量處理太慢。如果讀取需要使用它的隊友進行處理，那麼可以使用讀取的名稱排序文件，或者更好的辦法是緩存讀取。你會如何「緩存讀取」？

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手動安裝pysam錯誤：「ImportError：No module named version」

我想手動安裝pysam，因爲我在沒有互聯網連接的集羣上工作，而且我沒有管理員權限（因此通過conda做到這一點是不可能的，我曾嘗試過）。我已經從開發人員的存儲庫（https://github.com/pysam-developers/pysam/archive/master.zip）下載了所有壓縮文件，然後將它們傳輸到羣集中的我的目錄中。我已經運行（如說明https://github.com/p

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無法執行'x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc'：沒有這樣的文件或目錄（pysam安裝）

我試圖安裝pysam。 excecuting後：產生 python path/to/pysam-master/setup.py build 此錯誤： unable to execute 'x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc': No such file or directory error: command 'x86_64-conda_cos6-linux-gnu

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使用Pysam在特定位置訪問Bam文件

我有給定的染色體編號和位置（chr1和位置1599812）。我想使用python的pysam模塊來訪問bam文件，以獲得只讀取特定區域chr1和位置1599812的讀取數字信息。我嘗試過使用pileup()，但它需要一系列位置，而在我的情況下，我只想要特定位置，而不是一個這樣的範圍。