以批處理形式提交R腳本到網格

我想向網格提交R作業。我在MGSA_rand.r 保存的主要研發代碼在callmgsa.r我寫以批處理形式提交R腳本到網格

print('here') 
source('/home/users/pegah/MGSA_rand.r') 
mgsalooprand($SGE_TASK_ID,382)

的文件，我使用的文件Rscript.sh調用工作（與-t參數我送corrseponding到$SGE_TASK_ID)

R CMD BATCH --no-save callmgsa.r

值

我提交作業是這樣的：

qsub -t 1 -cwd -b y -l vf=1000m /home/users/pegah/Rscript.sh

我既沒有錯誤也沒有輸出。這個工作就像我提交時一樣終止，沒有任何輸出。你可以幫我嗎？
謝謝，Pegah

來源

2012-02-19 Pegah

你試過RSCRIPT的家當？這是創建腳本的常用方式：http://stackoverflow.com/questions/750786/whats-the-best-way-to-use-r-scripts-on-the-command-line – flodel 2012-02-19 12:12:40

如果$ SGE_TASK_ID是一個環境變量，你需要使用'Sys.getenv（「SGE_TASK_ID」）'在你的R腳本中訪問它。 – flodel 2012-02-19 12:38:57

變量$SGE_TASK_ID是一個shelscript變量。用相同的語法在R中調用它是行不通的。你可以做的是用Rscript代替。從shell腳本調用：

Rscript callmgsa.r $SGE_TASK_ID

在R腳本，您可以趕上的命令行參數，如：

args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE) 
print('here') 
source('/home/users/pegah/MGSA_rand.r') 
mgsalooprand(args[1],382)

這應該工作...

來源

2012-02-19 13:21:49

感謝您的回答。但是我應該在哪裏調用R本身？我已經在Rscript.sh中調用它。 – Pegah 2012-02-19 18:32:42

您可以通過shell腳本使用Rscript調用R。 – 2012-02-19 22:14:44

......或者在你的callmgsa.r的頂部放置一個shebang，如'＃！/ path_to_R_install/bin/Rscript'，並使該文件成爲可執行的'chmod + x callmgsa.r'。 – flodel 2012-02-19 22:33:47

以批處理形式提交R腳本到網格

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