我想在Python中打印一些預定義的序列

我想添加到更多的段落，但得到錯誤？我能夠打印前三段，但是當我嘗試添加更多的段落時出現錯誤。任何人都可以請糾正？我想在Python中打印一些預定義的序列

輸入文件：

HETATM10910 C4B NAD A 363  60.856 -58.575 149.282 1.00 40.44   C 
HETATM10911 O4B NAD A 363  61.320 -59.488 148.275 1.00 43.48   O 
HETATM10912 C3B NAD A 363  60.243 -57.426 148.473 1.00 40.37   C 
HETATM10914 C2B NAD A 363  60.167 -57.970 147.054 1.00 40.90   C 
HETATM10916 C1B NAD A 363  61.394 -58.766 147.056 1.00 43.29   C 
HETATM10954 C4B NAD B 363  41.496 -54.407 140.932 1.00 39.26   C 
HETATM10955 O4B NAD B 363  41.936 -54.715 139.568 1.00 41.96   O 
HETATM10956 C3B NAD B 363  42.061 -55.476 141.894 1.00 37.13   C 
HETATM10958 C2B NAD B 363  42.883 -56.336 140.942 1.00 38.13   C 
HETATM10960 C1B NAD B 363  42.233 -56.127 139.593 1.00 42.92   C

我想打印數據按以下：

HETATM 3788 C4B NAI A 302  52.695 15.486 8.535 1.00 57.28   C 
HETATM 3789 O4B NAI A 302  52.258 14.631 7.456 1.00 56.26   O 
HETATM 3794 C1B NAI A 302  53.348 13.816 7.022 1.00 53.44   C 
HETATM 3792 C2B NAI A 302  54.537 14.748 7.190 1.00 50.93   C 

HETATM 3789 O4B NAI A 302  52.258 14.631 7.456 1.00 56.26   O 
HETATM 3794 C1B NAI A 302  53.348 13.816 7.022 1.00 53.44   C 
HETATM 3792 C2B NAI A 302  54.537 14.748 7.190 1.00 50.93   C 
HETATM 3790 C3B NAI A 302  54.225 15.525 8.465 1.00 52.99   C 

HETATM 3794 C1B NAI A 302  53.348 13.816 7.022 1.00 53.44   C 
HETATM 3792 C2B NAI A 302  54.537 14.748 7.190 1.00 50.93   C 
HETATM 3790 C3B NAI A 302  54.225 15.525 8.465 1.00 52.99   C 
HETATM 3788 C4B NAI A 302  52.695 15.486 8.535 1.00 57.28   C 

HETATM 3792 C2B NAI A 302  54.537 14.748 7.190 1.00 50.93   C 
HETATM 3790 C3B NAI A 302  54.225 15.525 8.465 1.00 52.99   C 
HETATM 3788 C4B NAI A 302  52.695 15.486 8.535 1.00 57.28   C 
HETATM 3789 O4B NAI A 302  52.258 14.631 7.456 1.00 56.26   O 

HETATM 3790 C3B NAI A 302  54.225 15.525 8.465 1.00 52.99   C 
HETATM 3788 C4B NAI A 302  52.695 15.486 8.535 1.00 57.28   C 
HETATM 3789 O4B NAI A 302  52.258 14.631 7.456 1.00 56.26   O 
HETATM 3794 C1B NAI A 302  53.348 13.816 7.022 1.00 53.44   C

相同謊言，對於每條鏈。鏈ID可能是A到H 代碼：

import os 
import sys 

d = {} 
chainIDs = ('A', 'B', 'C', 'D',) 
atomIDs = ('C4B', 'O4B', 'C1B', 'C2B', 'C3B', 'C4B') 
with open('1A7K.pdb') as pdbfile: 
    for line in map(str.rstrip, pdbfile): 
     if line[:6] != "HETATM": 
      continue 
     chainID = line[21:22] 
     atomID = line[13:16].strip() 
     if chainID not in chainIDs: 
      continue 
     if atomID not in atomIDs: 
      continue 
     try: 
      d[chainID][atomID] = line 
     except KeyError: 
      d[chainID] = {atomID: line} 

n = 4 
for chain, atoms in d.items(): 
for atom, line in atoms.items(): 
    for i in range(len(atom)-n+1): 
     for j in range(n): 
      print d[chain][atomIDs[i+j]] 
     print

消息是：

runfile('C:/Users/Desktop/test_python_2.py', wdir='C:/Users/Desktop')

來源

2016-10-15 Vish

錯誤提示：「'i'是一個整數值，你不能使用'len'。考慮在範圍（i-n + 1）中使用'j：' – cel

@cel，使用的腳本正在運行但未得到結果？ msg是：runfile（'C：/Users/Desktop/test_python_2.py'，wdir ='C：/ Users/Desktop'） – Vish

在你的代碼

for i in range(len(atomIDs)-n+1): 
    for j in range(len(i)-n+1): 
     for k in range(len((j))-n+1): 
      for l in range(n):

你採取的 i和 j長度

。這些是整數（從範圍中獲得），並且作爲您收到狀態的錯誤，對象不具有這樣的長度（至少就Python的len函數而言）。

你正準備用這些for循環做什麼？如果你想打印每個鏈和原子的每一行，是否會像下面這樣工作？

for chain, atoms in d.items(): 
    for atom, line in atoms.items(): 
     print line

來源

2016-10-15 06:49:45 kdmurrray91

@kdmurray，我編輯了我的代碼但沒有得到預期的結果？ – Vish

你能告訴我如何添加輸入和輸出目錄嗎？我想從輸入文件夾中取出輸入文件，輸出將保存到輸出文件名稱相同的輸出文件夾中。 – Vish

我想在Python中打印一些預定義的序列

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