Scala：用於表示同一類型對象之間1：1,1：M，M：1和M：M關係的數據結構

Question

在比較基因組學中，鑑定了直向同源基因[即相信的基因在兩個基因組中具有相似的功能]在各種應用中都很重要。來自兩個基因組的這些基因之間的關係可以是1：1,1：M，M：1和M：M。在Scala中，我寫了這個簡單的例子類來表示基因：

case class Gene(id: Int, protId: String, geneId: String) 

這個功能做的映射：

def orthologyMapping(genome1: Array[Gene], genome2: Array[Gene]): Vector[HashMap[Gene, Gene]] = { ... 

我無法在文檔中找到任何內置類型這種特定類型的映射關係的集合。正如你所看到的，orthologyMapping（）返回類型是Vector [HashMap [Gene，Gene]]，並且Vector包含一串1：1關係的HashMap。

Answer 1

您是否曾考慮將這組關係建模爲圖形？因爲這對我來說似乎是天作之合。如果你想要一個可以使用的圖書館，請看看來自Verizon的OnCue團隊的Quiver： https://verizon.github.io/quiver/

Answer 2

HashMap[T,U]代表M：1的關係，例如(a -> 1),(b -> 1)。爲了表示M：M關係，您可以使用HashMap[Gene, Set[Gene]]。這可以建模M：M關係，例如， (a -> (1,2)),(b -> (1,2))