Google Genomics API - 內部服務器錯誤+參考ID

Question

我對Google基因組學API很新穎。我正在嘗試創建一個註釋。我用兩個web version和Python API調用：

service.annotations().create(body={ 'annotationSetId': '101', 'name': 'TestAnnotation', 'referenceName': 'chrM', 'start': '1', 'end': '1'}, fields='id') 

下面是一個簡單的註釋：

{ 
    "annotationSetId": "101", 
    "name": "TestAnnotation", 
    "referenceName": "chrM", 
    "start": "1", 
    "end": "1", 
} 

我收到以下錯誤，對於兩種情況：

500 Internal Server Error 
{ 
"error": { 
    "code": 500, 
    "message": "Unknown Error.", 
    "status": "UNKNOWN" 
} 
} 

什麼建議嗎？

再一次觀察。

我們可以添加一個變體只提交資料集和名設置;不需要指定referenceId，但是我們不能創建註釋集合 w/o referenceId。爲什麼？

400 HTTP/2.0 400 
- SHOW HEADERS - 
{ 
"error": { 
    "code": 400, 
    "message": "Invalid value for field \"annotationSet.referenceSetId\": empty or not specified", 
    "status": "INVALID_ARGUMENT" 
} 
} 

順便說一句，我該如何設置調用者的WRITE權限？

調用者必須具有關聯註釋集的WRITE權限。

預先感謝您！

Answer 1

因此，要有一個與數據集關聯的註釋集，您需要向該數據集寫入許可。如果您創建了數據集，那麼您將擁有寫入權限，這將與您的帳戶相關聯。如果它是一個公共數據集，那麼您可能需要從加載該數據集的人那裏獲得許可，以向其添加寫入權限，或者可以將其重新加載到您的帳戶下。

現在假設你創建了一個數據集，那麼你可以通過curl直接創建一個AnnotationSet - 你需要在控制檯上使用你的API密鑰（，請不要在這裏公開發布你的API密鑰）。下面是命令，你會填什麼：

curl -v -X POST -H "Content-Type: application/json" -d '{"datasetId":"YourActualDatasetID", "referenceSetId":"YourActualReferencesetID"}' https://genomics.googleapis.com/v1/annotationsets?fields=asdf&key=YOUR_API_KEY

讓我知道這是否爲你工作，如果有其他任何東西，我可以幫你。

感謝，

保羅

Answer 2

添加到保羅的回答是：

annotationSetId必須將ID真正的註解集。我們將致力於改進錯誤信息。

我們希望爲我們所有的API提供referenceId。我們不適合我們的Variant API，因爲我們創建Variant API時Reference API不存在。

要給用戶寫入權限，請將該用戶添加爲項目編輯器。請參閱https://cloud.google.com/iam/docs/quickstart-roles-members#add_a_project_member_and_grant_them_an_iam_role

Answer 3

我之前的評論沒有得到正確的格式，所以我將其寫爲答案。對於這個特定的測試，我將需要啓用付費帳戶，所以我的指導是通過發現服務華大基REST API中的原始信息：

https://www.googleapis.com/discovery/v1/apis/genomics/v1/rest

基於REST的API，作用域創建一個AnnotationSet如下：

"https://www.googleapis.com/auth/cloud-platform", "https://www.googleapis.com/auth/genomics"

既然你得到一個驗證錯誤，這將是很好的是與您的API（服務器）鍵控制檯（https://console.cloud.google.com）爲您的項目在第一次檢查你用過，如果它啓用了e基因組學和雲API？

〜p

Answer 4

這裏是公共引用： https://console.cloud.google.com/storage/browser/genomics-public-data/references/

在這裏，我們可以得到ReferenceIDs： https://developers.google.com/apis-explorer/#p/genomics/v1/genomics.referencesets.search

Answer 5

很高興聽到你得到的一切工作阿米爾！這是我們三個人的一個有趣的團隊努力，我總是樂於提供幫助，因爲我已經使用過，看過去兩年API的發展。:)

關於ReferenceIds我已經看到你了發現了一些我在這裏發佈的相同鏈接。這些基本上是指向參考的id，如染色體。引用ID的集合屬於表示引用程序集的ReferenceSet，並且references.bases屬於ReferenceID。我還沒有看到在REST API中創建加載新參考基因組的方法 - 這些可能通過後臺手動填充並由Google手動提供。也許梅利莎可能會有更多的信息。

下面是鏈接，可能會有幫助有關引用的集合 - 其中一些還發現了 - 和我它們列爲萬一別人的集合可能會發現他們在未來有用：

http://googlegenomics.readthedocs.io/en/latest/use_cases/discover_public_data/reference_genomes.html

https://cloud.google.com/genomics/v1/users-guide#references

https://cloud.google.com/genomics/v1/reference-sets#finding-references

https://cloud.google.com/genomics/reference/rest/v1/referencesets

https://cloud.google.com/genomics/reference/rest/v1/references

https://cloud.google.com/genomics/reference/rest/v1/references.bases

每個以上的REST API將有搜索和關聯數據自身的具體方法。

希望它能幫助，

〜p

Answer 6

要使用REST API爲註釋：

gcloud auth login 
TOKEN=$(gcloud auth print-access-token) 
curl -v -X POST -H "Authorization: Bearer $TOKEN" -d '{"datasetId": "YOUR_DATA_SET" , "referenceSetId": "EMWV_ZfLxrDY-wE" }' --header "Content-Type: application/json" https://genomics.googleapis.com/v1/annotationsets