Python Networkx無法導出到具有屬性的graphml

將以下問題轉換爲graph.xml（不能在此處發佈所有代碼，但這裏是要點）。 NetworkX版本是1.6.2Python Networkx無法導出到具有屬性的graphml

我有一個稱爲圖G

networkx有向圖

G = nx.DiGraph()

在作者列表格式加權邊緣（作者單位，AuthorB，重量）

G.add_weighted_edges_from(author_list)

填充它

我在這裏可以導出graphml和正常工作

nx.write_graphml(G, 'test.graphml')

我再計算出的PageRank在圖表上

graph_metric = nx.pagerank_numpy(G, weight='weight')

，然後在圖形屬性添加到節點

nx.set_node_attributes(G, 'pagerank', graph_metric)

如果我遍歷圖我可以打印出節點名稱和歌的PageRank

for n.d in G.nodes_iter(data=True): 
    print n, d

AuthorA {u'pagerank'：0.0076688948270074164} ... ... ...

但如果更新我嘗試創建從圖中我得到了以下錯誤graphml屬性後：

File "/usr/lib/pymodules/python2.7/networkx/readwrite/graphml.py", line 111, in generate_graphml 

writer.add_graph_element(G) 

File "/usr/lib/pymodules/python2.7/networkx/readwrite/graphml.py", line 305, in add_graph_element 

self.add_nodes(G,graph_element) 

File "/usr/lib/pymodules/python2.7/networkx/readwrite/graphml.py", line 262, in add_nodes 

self.add_attributes("node", node_element, data, default) 

File "/usr/lib/pymodules/python2.7/networkx/readwrite/graphml.py", line 255, in add_attributes 

scope=scope, default=default_value) 

File "/usr/lib/pymodules/python2.7/networkx/readwrite/graphml.py", line 242, in add_data 

raise nx.NetworkXError('GraphML writer does not support ' 

NetworkXError: GraphML writer does not support dict types as data values.

的思考？

來源

2014-01-13 Michael

也許您需要發佈更多的代碼...我只是想在這裏，它似乎正常工作。我是py26/nx1.6 IIRC。有一件事是，它抱怨說，你設置一個屬性爲一個字典的值，這是無效的。上面的代碼沒有這樣做，但一開始將找出哪個節點有一個無效值的屬性...將張貼代碼來做到這一點.... –

我沒有看到你發佈什麼這看起來像一個問題。不支持的類型的錯誤消息在網絡x-1.7中（稍微）得到了改進https://github.com/networkx/networkx/commit/661dcf479d9e597d6d7b83a1db7b8fbbb76f9599因此您可以考慮升級到更新的版本，並查看是否提供了哪些數據導致graphml編寫器投訴。 – Aric

保存爲GraphML時，不能自動序列化字符串。 [OSMnx]（http://geoffboeing.com/2016/11/osmnx-python-street-networks/）例如有一個內置功能，用於將networkx網絡保存爲GraphML文件，以序列化節點和邊緣的字典屬性。 – eos

好吧，它確實告訴你 - 你不能把字典作爲graphml屬性 - 它們大多數情況下都需要是數字類型或字符串。

沒有答案，但更容易把代碼放在這裏。找到「壞」的節點：

for node in G.node: 
    for attrib in G.node[node]: 
     if type(G.node[node][attrib]) == dict: 
      print node

來源

2014-01-13 19:16:54

它確實告訴你，它是我添加的pagerank屬性 - 你可以從'AuthorA {u'pagerank'：0.0076688948270074164}'中看到。奇怪的是，您可以更新圖中節點的屬性，但是沒有內建的方法讓graphml將它們寫出來。似乎我必須生成graphml，然後在它創建完成後通過迭代進行更新。你運行的代碼是 – Michael

嗎？你所看到的是預期的行爲 - 那就是打印'n'（這是一個字符串）和'd'（這是一個屬性字典）。我得到相同的輸出，但write_graphml工作正常。 –

您運行的是哪個版本的networkx？ – Michael

Python Networkx無法導出到具有屬性的graphml

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