從R內運行Plink

我正在嘗試使用Windows計算機SSH進入Mac服務器，運行程序並將輸出數據傳輸回Windows。我已經能夠成功地使用Putty手動執行此操作。從R內運行Plink

現在，我試圖使用Plink自動化該過程。我已經添加的Plink到我的Windows路徑，所以如果我在命令打開CMD和類型，我可以成功登錄，並通過命令到服務器： Works manually!

不過，我想這個，使用R自動化，簡化數據分析過程。基於一些搜索，互聯網似乎認爲shell命令最適合這項任務。不幸的是，它似乎並沒有找到的Plink，雖然通過shell傳遞命令到終端工作：

Plink not recognized

如果我嘗試同樣的事情，但手動設置的路徑使用shell到砰砰，無輸出回來了，但命令似乎沒有運行（例如未創建TESTFOLDER）：

enter image description here

沒有人有原因的Plink是不可用的任何想法，當我嘗試與R打電話了嗎？或者，如果還有其他想法可以在R中實現，那也是值得讚賞的。

由於提前， -SAM

來源

2015-01-15 Sam Zipper

我來到這裏尋找一個答案這個問題，所以我只有這麼多的提供，但我認爲我設法PLINK的初始步驟的工作中[R使用shell函數...

這是對我工作：

不在R：

安裝PLINK並將其位置添加到PATH中。
從PLINK的教程（http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/tutorial.shtml）下載示例文件，並將它們放在路徑中沒有空格的文件夾中（除非您知道我沒有的東西，在這種情況下，請將其空格）。

然後，在R：

## Set your working directory as the path to the PLINK program files: ## 
setwd("C:/Program Files/plink-1.07-dos") 

## Use shell to check that you are now in the right directory: ## 
shell("cd") 

## At this point, the command "plink" should be at least be recognized 
# (though you may get a different error) 
shell("plink") 

## Open the PLINK example files ## 
# FYI mine are in "C:/PLINK/", so replace that accordingly... 
shell("plink --file C:\\PLINK\\hapmap1") 

## Make a binary PED file ## 
# (provide the full path, not just the file name) 
shell("plink --file C:\\PLINK\\hapmap1 --make-bed --out C:\\PLINK\\hapmap1")

...等等。

這就是我迄今爲止所做的。但幸運的是，鏡像這些代碼行的結構和一般格式應該允許您從R內執行PLINK的操作。

希望有所幫助！

PS。當您運行上面的行時，PLINK輸出應該只在您的R控制檯中打印。

一切順利，
- CC。

來源

2015-05-20 19:34:06

謝謝Caitlin-我會在未來給這個鏡頭，看看它是否有幫助！我更新了下面找到的解決方案，以防它對您有所幫助。 –

@CaitlinCollins，我認爲你在混合[命令行ssh工具plink]（http://the.earth.li/~sgtatham/putty/0.53b/htmldoc/Chapter7.html），這似乎是OP是什麼要求[基因組分析程序plink]（http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/） – Empiromancer

剛看到凱特琳的迴應，它提醒我我沒有更新過我的解決方案。我的方法是一種解決方法，而不是解決我的具體問題，但它可能對其他人有用。

增加的Plink我的路徑後，我創建在Windows中含有我所有的Plink命令的批處理腳本，然後使用命令shell稱爲來自R批處理腳本：

所以，在R：

shell('BatchScript.bat')

該腳本包含所有我的命令，我想在的Plink使用批處理：

:: transfer file to phosphorus 
pscp C:\Users\Sam\...\file [email protected]**.**.208:/home/zipper/ 

:: open connection to Dolphin using plink 
plink -ssh [email protected]**.**.208 Batch_Script_With_Remote_Machine_Commands.bat 

:: transfer output back to local machine 
pscp [email protected]**.**.208:/home/zipper/output/ C:\Users\Sam\..\output\

希望幫助別人！

來源

2015-05-20 23:14:01

從R內運行Plink

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