如何標記切割樹狀圖的終端節點？

我用下面的代碼在特定的高度切割樹狀圖。我遇到的問題是，當我切割樹狀圖時，我無法弄清楚如何向節點添加標籤。如何切割樹狀圖使用R程序的標籤？如何標記切割樹狀圖的終端節點？

library(Heatplus) 
cc=as.dendrogram(hclust(as.dist(mat),method="single")) 
cutplot.dendrogram(cc,h=20)

來源

2011-08-26 akash

什麼是樹狀圖，而語言是什麼呢？ –

@john這是R語言。我正在使用R搭檔做羣集聚類。 – akash

好吧，什麼是樹狀圖？至少要說明什麼是知識領域。統計？物理？ –

相當數量挖到幫助文檔?dendrogram後，我無意中發現含有爲例做一些非常相似的dendrapply功能。這裏是您的解決方案的基礎上，實施例的變形例在?dendrapply：

創建樹狀圖，並在高度h=20切割：

dhc <- as.dendrogram(hc <- hclust(dist(USArrests), "ave")) 
chc <- cut(dhc, h=20)$upper

定義與newLabels的載體，以及一個功能newLab修飾單個節點標籤。然後，它傳遞給dendrapply：

newLabels <- paste("Custom", 1:22, sep="_") 

local({ 
     newLab <<- function(n) { 
     if(is.leaf(n)) { 
      a <- attributes(n) 
      i <<- i+1 
      attr(n, "label") <- newLabels[i] 
     } 
     n 
     } 
     i <- 0 
    }) 

nhc <- dendrapply(chc, newLab) 
labels(nhc) 
[1] "Custom_1" "Custom_2" "Custom_3" "Custom_4" "Custom_5" "Custom_6" 
[7] "Custom_7" "Custom_8" "Custom_9" "Custom_10" "Custom_11" "Custom_12" 
[13] "Custom_13" "Custom_14" "Custom_15" "Custom_16" "Custom_17" "Custom_18" 
[19] "Custom_19" "Custom_20" "Custom_21" "Custom_22" 

plot(nhc)

enter image description here

來源

2011-08-26 18:03:54 Andrie

這裏是爲了什麼Andrie寫的，而是採用了全新的包裝被稱爲「」，正是專爲這樣的事情修改方案。

你可以看到在以下網址的「用法」一節中的包的介紹和護身符許多例子，：https://github.com/talgalili/dendextend

以下是此問題的解決方案：

# define dendrogram object to play with: 
dhc <- as.dendrogram(hc <- hclust(dist(USArrests), "ave")) 
chc <- cut(dhc, h=20)$upper 
# loading the package 
require(dendextend)# let's add some color: 
# change labels with a simple assignment: 
labels(chc) <- paste("Custom", 1:22, sep="_") 
plot(chc)

對於安裝包（因爲我還沒有把它上傳到CRAN），用途：

#################### 
## installing dendextend for the first time: 

if (!require('installr')) install.packages('installr'); require('installr') 
## install.Rtools() # run this if you are using Windows and don't have Rtools 
require2(devtools) 
install_github('dendextend', 'talgalili') 
require2(Rcpp) 
install_github('dendextendRcpp', 'talgalili')

最佳，塔爾

來源

2013-12-09 03:45:54

-1

cc$labels

這是樹狀圖中所有元素的向量。

cc$labels <- myVector

您可以在自己的向量添加到更改標籤

來源

2014-01-30 11:11:04

如何標記切割樹狀圖的終端節點？

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