dendextend

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我目前正在關注文檔主題中的層次結構。作爲第一步，我找到了我的文檔的向量表示，然後使用分層聚類來確定文檔的主題內是否有主題。我只想考慮（嵌套的）至少包含2個原始數據的集羣。爲了達到這個目的，我使用R. 現在，我正在努力從聚類結果中有效地提取集羣層次結構。集羣使用「fastcluster」軟件包完成，它提供與原始「hclust」功能類似的結果。對於我的最終輸出應該看起來像這樣;將有兩個表集羣分配：

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R：定製樹狀 - 不同的葉子節點顏色和類型的標籤

我已經寫了使用dendextend（vignette）以下MWE： library(cluster) library(ggdendro) library(dendextend) d1 <- c(paste(rep("firstcelltype",7),1:7,sep="_"), paste(rep("secondcelltype", 3),1:3,sep="_")) d1.df <- as

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用Corrplot（R）

樹狀圖有沒有人有方法來裝飾R corrplot相關性圖與樹狀圖？

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如何將樹狀圖的節點着色爲R中的單獨行

我想在樹狀圖的底部着色樹狀圖的節點 - 但是在單獨的行中下面鏈接中的最後一個樹狀圖顯示節點作爲有色 - 然而，當它的一個大數據集，一條線變得很油膩 Label and color leaf dendrogram in r 那麼是可以爲每個彩色組分別行？

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基於標籤的重新排序和顏色樹狀圖

我想控制樹狀圖的順序和顏色。顯然，樹形圖的要點是通過相似性排序，但在分支內我想設置一個有意義的順序（字母數字）。 library(vegan) library(stats) x <-data.frame(data = c(1:10)) y = data.frame(type = c("A","B","C","A","C","D","A","B","C","B"), site_name =

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將節點標籤添加到dendextend中的樹形圖

我有樹葉和節點標籤（class = phylo，使用read.tree讀入）的樹狀圖。將其轉換爲樹狀圖類後，節點標籤不再存在。但是，我想通過在某些節點上顯示標籤來繪製樹狀圖（即在所選簇的頂部以NODE_1等形式）。有誰知道我如何獲得節點標籤樹狀圖類並將它們添加到情節？類似這樣的東西，但不是數字有id-s或標籤，只有一些節點選擇有標籤。

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使用'dendextend'在樹狀圖中指定標籤周圍繪製矩形

我目前正在構建樹狀圖，我正在使用'dendextend'來調整它的外觀。我已經能夠做到我想做的一切（標記樹葉並突出顯示我選擇的簇的分支），除了圍繞預定義的簇繪製矩形。我的數據（可以從這個文件中找到：Barra_IBS_example.matrix）與'pvclust'聚集在一起，所以'pvrect'在正確的位置繪製矩形，但它剪切了標籤（見下圖），所以我想用'rect.dendrogram'重現

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dendextend：color_branches對某些hclust方法不起作用

我正在使用R dendextend包來繪製由hclust {stats}中的每個hclust方法生成的hclust樹對象：「ward.D」，「ward.D2」，「single」，「完整」，「平均」（= UPGMA），「mcquitty」（= WPGMA），「中位數」（= WPGMC）或「質心」（= UPGMC）。我注意到當我使用method =「median」或「centroid」時，colo

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使用dendextend在R中繪製糾結圖子圖

我正在使用dendextend來繪製R中的Tanglegrams。我想知道是否可以使用par(mfrow = c(2,2))繪製多個子圖？我似乎無法弄清楚。感謝 library(dendextend) dend15 <- c(1:5) %>% dist %>% hclust(method = "average") %>% as.dendrogram dend15 <- dend15 %>%

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標記圓形的dendextend樹狀圖

我試圖繪製組成數據的圓形樹狀圖。使用下面的代碼： library(dendextend) library(circlize) library(compositions) data("Hydrochem") hydro<-Hydrochem d <- dist(hydro[7:19], method="euclidean") hc <- hclust(d, method = "aver