2014-10-27 19 views
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我想在Pubmed數據庫的搜索中使用基因符號列表(下面命名爲t),以便(最終)檢索基因符號的DNA序列相關的基因。我想限制我的搜索只對人類,但我目前的代碼給了我以外的人類有機體。使用Biopython.Entrez返回與基因符號列表相關的pubmed記錄

from Bio import Entrez 
Entrez.email = '...'   #my email: always tell Entrez who you are 

t = ['FOXO3'] 
for i in range(len(t)): 
    search = 'human[orgn]'+t[i] 
    handle = Entrez.esearch(db='gene',term=search) 
    record = Entrez.read(handle) 
    t = record[u'IdList'] 
    handle = Entrez.efetch('nucleotide',id=t[0],rettype='gb',retmode='text') 
    print handle.read() 

任何人都可以看到我要去哪裏錯了嗎?

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