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有沒有辦法下載並保存Entrez模塊返回到本地磁盤的XML文件？什麼我目前做的是： fetch = Entrez.efetch(db='pmc', resetmode='xml', id=ids, rettype='full') article = fetch.read() 然後保存article這是一個str對象通過Python的寫入功

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使用rentrez解析出來的作者和從屬關係

我的總體目標是構建合作作者網絡圖。我有一個PubMed ID的列表，這些是我感興趣的合作網絡圖表的唯一出版物。我無法弄清楚如何在使用rentrez的查詢中將作者姓名和相應的關聯關係同時存在。我可以得到這兩個信息，但我的聯盟名單比我的作者名單少了300個，所以顯然有些沒有提供聯盟，但我無法弄清楚誰。任何方式來搜索作者和聯盟合併？ [當我做無論是在我的entrez_fetch，它只是給了我的作者和所屬

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PubMed使用entrez_fetch進行XML解析rentrez

我正在收集PubMed中搜索術語的作者信息和文章信息。我在rentrez包中使用entrez_fetch成功獲得作者姓名，出版年份和其他信息。以下是我的示例代碼： library(rentrez) library(XML) pubmedSearch <- entrez_search("pubmed", term = "flexible ureteroscope", retmax = 100)

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從Medline對象檢索使用RISmed的多個作者關聯

使用RISmed-R-package從Medline自動檢索數據（抽象/作者/從屬關係等）時，我無法使用Affiliation（）方法檢索多個關聯。即使有多個可用，也只能檢索第一個作者的聯屬關係。從https://www.nlm.nih.gov/bsd/mms/medlineelements.html#ad 看來，在2014年12月之後，在聯盟領域包括多個聯盟。類似地，Author（）方法檢索一個

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如何從pubmed獲取最新論文

這是一個具體問題，但有人必須這樣做。我想從pubmed那裏得到最新的論文。不是關於某些主題的文章，而是所有主題。我想根據修改日期（mdat）進行查詢。我使用biopython.py和我的代碼看起來像這樣 handle = Entrez.egquery(mindate='2015/01/10',maxdate='2017/02/19',datetype='mdat') results = Entr

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解析R中的XML文件使用rentrez

我不是XML專家。使用rentrez解析XML文件時遇到問題。我試圖通過每個pmid（PubMed數據庫中的文章ID）作爲輸出來獲得作者和隸屬關係。我的代碼運行良好，除非作者有多個關聯關係。當作者有多個聯盟時，列first_names，last_names和affiliation的列長變得不同，並且它返回一個錯誤。我真的沒有在XML解析處理這方面的專業知識。我嚴格地期待結果如下圖所示：由entre

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xml句子與python的段落

我希望能夠以xml格式處理一段不含特定句子的句子。我的輸入是這樣的： <p xmlns="https://jats.nlm.nih.gov/ns/archiving/1.0/"> Recently, a first step in this direction has been taken in the form of the framework called “dynamical

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Biopython和檢索日誌的全名

我使用Biopython和Python 3.x從PubMed數據庫進行搜索。我正確地獲得搜索結果，但接下來我需要提取搜索結果的所有日記名稱（全名，而不僅僅是縮寫）。目前我使用下面的代碼： from Bio import Entrez from Bio import Medline Entrez.email = "[email protected]" handle = Entrez.esea

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Biopython的ESearch不給我充分IDLIST

我試圖尋找通過使用下面的代碼的一些文章： handle = Entrez.esearch(db="pubmed", term="lung+cancer") record = Entrez.read(handle) 從record['Count']我可以看到有293279分的結果，但是當我看到record['IdList']它只給我20個ID。這是爲什麼？我如何獲得所有293279記錄？

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UnicodeDecodeError與使用Biopython從efetch獲取摘要

最近，使用Biopython從Pubmed中提取了一些摘要。我的代碼寫在下面Python3： from Bio import Entrez Entrez.email = "[email protected]" # Always tell NCBI who you are def get_number(): #Get the total number of abstract availa