R：進口data.table包命名空間，內存消耗

無法解釋跳我用data.table包我自己的包內，我導入命名空間和描述文件data.table命名空間。在我的職務，我會用上data.table函數data.frame轉換成data.tableR：進口data.table包命名空間，內存消耗

dt <- data.table(df)

但是，當我把我的函數，在調用data.table（）的內存使用情況的即時點和跳躍R只是停止響應。當我逐行運行並且內存消耗低時，該函數內的代碼正常工作。另外，如果我把庫（data.table）放在我的函數中，一切都很好。我試圖避免將庫（data.table）放入我的函數中，而是聲明依賴關係。但是，這種方式似乎有些問題。我在Mac OS X上運行R-2.14.0 10.6.8

任何人能解釋這可能是一個原因，我怎麼能解決這個問題（不使用庫（data.table）我的函數中）？

來源

2012-05-17 Vanja

如何在名稱空間和描述文件中進行導入？ – Dason

如果沒有可重現的例子，很難診斷問題。你能提供你的包裹的來源嗎？ – jthetzel

沒有特定的順序有些隨機猜測：

嘗試使用Imports或僅在描述取決於現場。我不認爲你還需要在NAMESPACE中導入，但我可能是錯的。爲什麼這會解釋內存使用，雖然，不知道。

什麼是df？它是大的或以某種方式遞歸或奇怪的？如果可能，請提供str(df)告訴我們關於它的一些信息。

嘗試as.data.table(df)比data.table(df)更快。但這聽起來像你的問題是不同的。

您的函數調用是否被重複調用？我可以看到爲什麼一再轉換df到dt會佔用內存，但不是爲什麼只是調用library(data.table)會使速度更快。

嘗試從R --vanilla開始R以確保沒有.Rdata（其中可能包括屏蔽data.table的函數）在啓動時加載等等。如果你開發了自己的包，那麼某種函數名稱衝突，或者路徑上的包的順序聽起來似乎合理。

否則，我們需要更多信息。我不記得任何類似的事情發生在我身上，或者之前有過報道。

而且，您使用的這些data.table版本？有在此V1.8.1錯誤修復上R-鍛造（未上CRAN尚未）：

移至data.table設置代碼從.onAttach到.onLoad使得當data.table只是import ED從內它也運行一個包，修復＃1916有關缺少data.table選項。

但是，如果你正在使用從CRAN 1.8.0，並導入（只），而不是依賴，那麼我希望你能得到有關失蹤的選項，而不是在內存消耗跳躍的錯誤。

來源

2012-05-17 09:02:21

我正在使用data.table v1.8.0。所以，如果我只導入，我應該得到一個錯誤信息，但我沒有。在這種情況下，似乎在搜索路徑中發現了一些其他的data.table函數，導致大量的內存消耗。我曾嘗試把data.table放在Depends下，而且一切正常。 df是一個data.frame，包含〜500000行和4列，並且當我使用data.table運行代碼時，取決於內存消耗是〜2 GB。但是，當data.table位於Imports下時，相同代碼的內存消耗約爲40 GB（我試圖在服務器上而不是在Mac上運行它） – Vanja

您可以升級到1.8.1嗎？至少只是爲了看看這個錯誤修復是否修復它。你說在搜索路徑中找到另一個data.table函數，你能找到它嗎？ –

升級到1.8.1修復了一切。現在它對於導入和依賴都正常工作。我不知道在導入時放置舊版本時出現了什麼問題。看起來data.table是以某種方式創建的，儘管我在搜索路徑中找不到data.table函數？！： cat（class（df）） > data.frame find（「data.table」） >字符（0） DT < - data.table（DF）*跳躍在存儲器貓（類（DT）） > data.table data.frame 所以data.table已經被創建，但是，當試圖在創建的dt上使用「[」函數，會出現關於丟失選項的錯誤。 – Vanja

R：進口data.table包命名空間，內存消耗

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