使爆炸搜索需要更長的時間

Question

我指的是這個鏈接：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK52637/，嘗試在單機上進行blast搜索。我從NCBI網站下載了應用程序和refseq_rna blast數據庫。高爐搜索只需幾秒鐘即可獲得結果。我想詢問是否有任何方法可以使blast搜索花費更多時間在blast數據庫上搜索匹配序列？

Answer 1

BLAST是一種啓發式設計，它的設計非常快速。還有一些NCBI接口的結果是預先計算好的。爲什麼你會希望這個過程花費更長時間，我無法想象，但你可以嘗試運行Smith-Waterman對齊算法，這將找到真正的最佳匹配，並且比大型數據庫上的BLAST需要更長的時間。

Answer 2

也許你可以告訴我們爲什麼你想減慢它！

但是對於什麼值得使用-W選項來減小字的大小。