我正在MPI中運行Fortran代碼。我需要在一個特定的過程中設置一個環境變量。有沒有辦法做到這一點？從Fortran代碼調用「系統」似乎沒有效果。我通過「aprun」運行代碼。爲特定的MPI進程設置環境變量

2016-01-22 bob.sacamento

在mpirun或運行過程中？ –

@Vladimir F只要它「堅持」我會滿意任何一種方式。我想我希望從mpirun（實際上是aprun）那樣做，因爲這似乎更確定地給我我想要的東西。 –

您可以使用相同的二進制但不同的opts進行類似MPMD的啓動。如果需要，您的Cray超級計算中心可以爲您提供幫助。 – Jeff

啓動器解決方案

您應該在啓動MPMD時執行此操作。它適用於mpirun或aprun。

下面是一個示例，其中一個過程與其他過程不同地設置OMP_NUM_THREADS環境變量。

aprun -n 1 -e OMP_NUM_THREADS=1 ./mpi-openmp-app.x input_file.in : 
     -n 99 -e OMP_NUM_THREADS=10 ./mpi-openmp-app.x input_file.in

這是

aprun -n 100 -e OMP_NUM_THREADS=10 ./mpi-openmp-app.x input_file.in

異構等效請參閱aprun man page（或命令行man aprun）的詳細信息。

請注意，Cray正在將許多站點從ALPS（即aprun）切換到SLURM（srun），但我確定SLURM支持相同的功能。

MPI的mpirun或mpiexec支持類似的功能。 MPI標準沒有指定語法，因此您需要閱讀MPI實現的文檔以瞭解具體情況。

源代碼解決方案

假設你的環境變量被解析MPI初始化後，你可以不喜歡以下使用setenv，如果發射器解決方案不起作用。

int requested=MPI_THREAD_FUNNELED, provided; 
MPI_Init_thread(&argc,&argv,requested,&provided); 

int rank; 
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD,&rank); 
if (rank==0) { 
    int overwrite = 1; 
    int rc = setenv("OMP_NUM_THREADS","1",overwrite); 
}

來源

2016-01-22 17:57:52 Jeff

在啓動器解決方案中，是否有方法來指定獲取環境變量的進程？謝謝！ –

我期望這些進程按照它們啓動的順序進行編號，除非您啓用排序重新排序。 – Jeff

我嘗試了Cray系統上的啓動器解決方案，似乎第二個二進制文件無法識別env變量。 ALPS提供了一個不明的「aprun：無效選項 - 'e''」錯誤。 –

爲特定的MPI進程設置環境變量

回答

啓動器解決方案

源代碼解決方案

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