擬合多個Gompertz曲線並在R中跳過錯誤（nlsList和SSgompertz）

我試圖用SSgompertz來適應數百個gompertz形狀的曲線。該數據集有三列「x」和「y」值和一個編碼列以將數據分成不同的樣本：「GROUPING」。之後，使用predict（）函數將參數用於確定所有樣本（擬合點方法）在y軸上的固定點的x值。擬合多個Gompertz曲線並在R中跳過錯誤（nlsList和SSgompertz）

我設法使用此代碼的參數饋送到預測（）之前，以適應多個多項式到數據：

參數< -lmList（X〜聚（Y，3，原始= TRUE）| GROUPING ，data = data，na.action = na.omit）

儘管它們中的許多並不是很好。理想情況下，我可以使用非線性迴歸來將數據擬合成gompertz曲線。所以，我想這一點：

參數< -nlsList（Y〜SSgompertz（X，ASYM，xmid，財政）|分組數據=數據幀）

但是，如果無法獲得的情況下一個合適的（不良樣本或非典型曲線形狀）會導致錯誤並停止整個過程。

例如，「迭代次數超過了最大值50」

有沒有辦法忽略那些沒有建模的樣本，但保留那些參數？

編輯：我曾嘗試使用循環建議，但我有麻煩得到它的工作（見下面的腳本）。還輸出不能被送入COEF（）

uniq <- unique(unlist(data$GROUPING)) 
results=list() 
for (i in uniq){ 
Singledata <-data[which(data$GROUPING ==uniq[i]), ] 
x<-Singledata$x 
y<-Singledata$y 
ModelSS <- tryCatch(nls(y~SSgompertz(x, Asym, xmid, scal))) 
print(ModelSS) 
results[i] = ModelS 
} 
coef(results)

是否有人可以幫助我瞭解我要去哪裏錯了嗎？

實施例的數據：

data<-data.frame(x=c(0,1,2,4,8,16,32,64,0,1,2,4,8,16,32,64,0,1,2,4,8,16,32,64), 
       y=c(70,90,160,250,410,510,610,650, 
        NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA, 
        70,90,160,250,410,510,610,650), 
       GROUPING=c(1,1,1,1,1,1,1,1, 
          45,45,45,45,45,45,45,45,643,643,643,643,643,643,643,643))

來源

2016-03-06 Ian

編寫一個用'tryCatch'調用'nls'的循環。 – Roland

這不正確的使用'tryCatch'。研究這個：http://stackoverflow.com/a/12195574/1412059 – Roland

順便說一句。如果你提供了一個[最小可重現的例子]（http://stackoverflow.com/a/5963610/1412059），我可能會告訴你如何做到這一點。 – Roland

nlsList已經使用try內部。您的問題似乎是na.action設置（na.fail是默認設置）。使用na.omit：

nlsList(y~SSgompertz(x, Asym, xmid, scal)|GROUPING, data=data, na.action = na.omit) 
#Call: 
# Model: y ~ SSgompertz(x, Asym, xmid, scal) | GROUPING 
# Data: data 
# 
#Coefficients: 
#  Asym  xmid  scal 
#1 618.774 2.031473 0.831752 
#643 618.774 2.031473 0.831752 

Degrees of freedom: 16 total; 10 residual 
Residual standard error: 30.44042

來源

2016-03-08 11:22:54 Roland

有沒有辦法跳過不合適的數據，產生的錯誤，如：「迭代次數超過最大值50」 – Ian

我相信'nlsList'已經這樣做了。提供一個沒有的例子。 – Roland

擬合多個Gompertz曲線並在R中跳過錯誤（nlsList和SSgompertz）

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