ImageJ的jar文件的插件快捷方式創建

我一直在發育生物學標記的項目用DAPI染色，以確定標誌物表達的百分比沿着各種核標記。我發現在使用CLAHE程序時，ImageJ插件ITCN（http://rsbweb.nih.gov/ij/plugins/itcn.html）對每個標記都很好。我的問題是我有大約6000張圖片需要分析，我希望能夠自動化這個過程。我已經錄製宏，如下面的（這本身可以循環到單獨的圖像文件）：ImageJ的jar文件的插件快捷方式創建

open("image"); 
run("8-bit"); 
run("CLAHE"); 
run("ITCN "); 
close();

但ITCN圖標不會自動開始分析，也沒有一個容易編程的捷徑來完成這項工作。我對任何Java編程完全無知，我很想知道是否有解決這個可能的簡單問題的方法。

在此先感謝邁克爾

來源

2011-01-25 Michael L

的ITCN插件實現爲PlugInFrame及其設置不記錄的，因爲你已經發現。然而，從源頭上看，一旦它已經收集了選項，你應該能夠以編程方式調用，插件只是使用另一個名爲ITCN_Runner的類。

但是，你不能從宏語言做到這一點。可能最簡單的選擇是使用ImageJ的內置Javascript腳本。例如，像往常一樣啓動宏錄製器，但在左上角選擇「JavaScript」。然後第一對夫婦的命令的出現對我來說（有一些格式化爲清楚起見）爲：

imp = IJ.openImage("/home/mark/test.tif"); 
IJ.run(imp, "8-bit", ""); 
IJ.run(imp, 
     "Enhance Local Contrast (CLAHE)", 
     "blocksize=127 histogram=256 maximum=3 mask=*None* fast_(less_accurate)");

然後，如果你看一下ITCN插件的源代碼，你可以看到如何創建ITCN_Runner類並運行它 - 例如：

runner = new ITCN_Runner(imp, 
          1, /* width*/ 
          5.0, /* minimum distance */ 
          0, /* threshold */ 
          false, /* detect dark peaks */ 
          null /* mask ImagePlus */) 
runner.run()

在另一個窗口中生成輸出，該窗口具有相同的名稱，但前綴爲"Results "。

來源

2011-01-25 11:58:34

感謝馬克。

不幸的是，當我運行java紙條導致錯誤。

的ReferenceError：沒有定義「ITCN_Runner」。（＃6）在行號6

它說，有在ITCN澆道的線未知源。我不知道這是否是代碼問題，我只是簡單地複製並粘貼到記錄器中，而無需進入源代碼或ITCN運行器本身。再次

感謝，

邁克爾

來源

2011-01-25 18:07:54

@Micheal L I知道，它已經很長一段時間。我有個類似的問題。你有沒有機會解決它 – Lune3414 2017-02-22 15:19:39

ImageJ的jar文件的插件快捷方式創建

回答

相關問題