假設我有一個F值和相關的自由度df1和df2。我如何使用python以編程方式計算與這些數字相關的p值?在python中計算F分佈p值?
注意:我不接受使用scipy或statsmodels的解決方案。
假設我有一個F值和相關的自由度df1和df2。我如何使用python以編程方式計算與這些數字相關的p值?在python中計算F分佈p值?
注意:我不接受使用scipy或statsmodels的解決方案。
可以用正則化(不完整)β函數I(x; a, b)
來計算F分佈的CDF(以及因此的p值),參見例如MathWorld。從這個blog,只使用math
使用I(x; a, b)
代碼,p值是
1 - incompbeta(.5*df1, .5*df2, float(df1)*F/(df1*F+df2))
這裏的結果對於一些樣本值,匹配scipy.stats.f.sf
:
In [57]: F, df1, df2 = 5, 20, 18
In [58]: 1 - incompbeta(.5*df1, .5*df2, float(df1)*F/(df1*F+df2))
Out[58]: 0.0005812207389501722
In [59]: st.f.sf(F, df1, df2)
Out[59]: 0.00058122073922042188
以防萬一的博客中消失,這裏的代碼:
import math
def incompbeta(a, b, x):
''' incompbeta(a,b,x) evaluates incomplete beta function, here a, b > 0 and 0 <= x <= 1. This function requires contfractbeta(a,b,x, ITMAX = 200)
(Code translated from: Numerical Recipes in C.)'''
if (x == 0):
return 0;
elif (x == 1):
return 1;
else:
lbeta = math.lgamma(a+b) - math.lgamma(a) - math.lgamma(b) + a * math.log(x) + b * math.log(1-x)
if (x < (a+1)/(a+b+2)):
return math.exp(lbeta) * contfractbeta(a, b, x)/a;
else:
return 1 - math.exp(lbeta) * contfractbeta(b, a, 1-x)/b;
def contfractbeta(a,b,x, ITMAX = 200):
""" contfractbeta() evaluates the continued fraction form of the incomplete Beta function; incompbeta().
(Code translated from: Numerical Recipes in C.)"""
EPS = 3.0e-7
bm = az = am = 1.0
qab = a+b
qap = a+1.0
qam = a-1.0
bz = 1.0-qab*x/qap
for i in range(ITMAX+1):
em = float(i+1)
tem = em + em
d = em*(b-em)*x/((qam+tem)*(a+tem))
ap = az + d*am
bp = bz+d*bm
d = -(a+em)*(qab+em)*x/((qap+tem)*(a+tem))
app = ap+d*az
bpp = bp+d*bz
aold = az
am = ap/bpp
bm = bp/bpp
az = app/bpp
bz = 1.0
if (abs(az-aold)<(EPS*abs(az))):
return az
print 'a or b too large or given ITMAX too small for computing incomplete beta function.'
這就是我正在尋找的!非常感謝你。 –
不客氣。 ALGLIB也有['I(x; a,b)'](http://www.alglib.net/specialfunctions/incompletebeta.php),但雖然ALGLIB可以從Python使用,但它不在PyPI上。 –
你不希望scipy,如何numpy和statsmodels?也許告訴我們你已經嘗試了什麼。 – Jeff
你確定numpy有這個能力嗎?我已經搜索過他們的文檔,但numpy的統計能力非常有限。使用statsmodels是不可能的;鑑於此,我將編輯這個問題。 –
有人說過很多次,但是SO不是代碼寫作服務,儘管很多人都願意提供幫助。但是,當你明確地刪除應該用於此目的的軟件包時,至少可以向我們展示你所嘗試的。 – Jeff