導出Cytoscape邊緣表格

Question

我對Cytoscape非常陌生，感覺像是一個易於解決的問題。我使用Cytoscape的拖放功能來構建網絡（我基本上是將昆蟲蹤跡網絡的照片翻譯成Cytoscape表示 - 這使得構建網絡變得更容易）。問題是我需要將Cytoscape的邊緣表格導出到R中進行進一步分析。 Cytoscape的出口有看起來像這樣的列的.csv文件：

「節點5（非定向）節點2」 < - 所有在一列

我需要的是無論是.csv文件包含要麼是一個鄰接矩陣，要麼是一個邊緣列表（其中邊被表示爲節點對，每個節點位於其自己的列中）。是否有捷徑可尋？先謝謝你！

Answer 1

有幾種解決方案：

的http://apps.cytoscape.org/apps/adjexporter允許您將網絡導出爲adjecency矩陣

您可以直接與R使用CyREST接口連接到Cytoscape中：http://apps.cytoscape.org/apps/cyrest

可以代替所有（無向）條款

希望這會有所幫助， Piet