R - 從glmmadmb輸出中提取過度色散參數

我想知道是否有人知道如何從R的glmmadmb輸出中提取色散參數的估計值。我使用的是負二項模型，並且希望使用此代碼來處理幾種不同的物種，而無需進入並手動爲代碼的其餘部分提取此值。R - 從glmmadmb輸出中提取過度色散參數

這是我輸出的一個例子：

> summary(mod1) 

     Call: 
      glmmadmb(formula = species ~ (1 | year) + (1 | site), data = cs, 
      family = "nbinom2", link = "log") 

     AIC: 8131.7 

     Coefficients: 
     Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)  
     (Intercept)  4.05  0.19 21.3 <2e-16 *** 
      --- 
     Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 

     Number of observations: total=798, year=53, site=15 
     Random effect variance(s): 
     Group=year 
        Variance StdDev 
     (Intercept) 0.1925 0.4388 
     Group=site 
        Variance StdDev 
     (Intercept) 0.4748 0.689 

     Negative binomial dispersion parameter: 1.7211 (std. err.: 0.088936) 

     Log-likelihood: -4061.86

我還沒有發現這種提取值的函數。

預先感謝您！

來源

2013-10-02 user.bayes

瀏覽一下相關的'print.summary代碼'功能...或提供創建此功能的代碼。 –

爲glmmadmb幫助頁面，說，除其他事項外：

值：
An object of class ‘"glmmadmb"’ representing the model fit, 
including (among others) components: 

    b: vector of fixed effects 

    S: covariance matrix of random effects 
阿爾法：規模/偏大參數（負二項分佈，Gamma值，試用版）

所以我認爲mod1$alpha（或mod1[["alpha"]]如果你想非常小心）應該得到你想要什麼。

如果文檔不存在，您可以（1）查看@DWin建議的代碼glmmADMB:::print.summary.glmmadmb; （2）查看names(mod1)或str(mod1)，查找與您想要的部件相對應的模型對象的部分。

有可能應該是一個訪問方法，但我不知道，有R中提取的模型分散型參數一致的約定......

來源

2013-10-02 21:51:16

太棒了！謝謝。這些信息非常有幫助。我會查看代碼以及你的建議。 –

R - 從glmmadmb輸出中提取過度色散參數

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